فعاليت‌هاى علمى و فكرى باز نمى‌ايستاد؛ از اين رو، در كنار آن همه اشتغالات، به تأليفات و تصنيفات ارزنده‌اى نيز پرداخته است.

تأليفات و آثار گرانبهاى ايشان پيرامون موضوعات گوناگون اخلاقى، عرفانى، فقهى، اصولى، فلسفى، سياسى و اجتماعى مى‌باشد كه بسيارى از آن‌ها تاكنون منتشر شده است. متأسفانه تعدادى از رساله‌ها و تأليفات نفيس امام قدس سره در جريان جابه‌جايى از منازل استيجارى و در جريان چندين مرحله يورش مأموران ساواك شاه به منزل و كتابخانه ايشان مفقود گرديده است.

در اينجا فهرست اسامى آثار و تأليفات حضرت امام قدس سره را بر حسب سير تاريخ نگارش مرور مى‌كنيم:

1- شرح دعاى سحر: اين شرح حاوى نكات عميق عرفانى، فلسفى و كلامى با تكيه بر آيات قرآن و روايات اهل بيت : است كه در سال 1347 هجرى قمرى (1307 شمسى) و به زبان عربى نوشته شده است.

2- شرح حديث رأس الجالوت: اين كتاب حاوى احتجاجات حضرت امام رضا 7 با اصحاب اديان مختلف و از جمله رأس‌الجالوت از علماى دين يهود است كه در سال 1348 هجرى قمرى (1308 شمسى) تأليف شده است.

حضرت امام قدس سره علاوه بر شرح مستقل خود بر اين حديث، تعليقه‌اى نيز بر شرح مرحوم قاضى سعيد قمى (از عرفاى قرن يازدهم) بر حديث مزبور نوشته است.

3- حاشيه بر شرح فوائدالرضويه: كه‌اثرى عرفانى‌است و حضرت‌امام نظريات خويش را به صورت حاشيه بر كتاب «شرح فوائدالرضويه» مرحوم قاضى سعيد قمى نگاشته است.

4- شرح حديث جنود عقل و جهل: كه اثرى اخلاقى همچون كتاب شرح چهل حديث ايشان است.

5- مصباح الهداية الى الخلافة والولاية: كتاب مزبور از عميق‌ترين و درخشان‌ترين آثار عرفان اسلامى در دوره متأخر است و در سال 1349 هجرى قمرى (1309 شمسى) در سن 28 سالگى كار تأليف آن به پايان رسيده است.

6- حاشيه بر «شرح فصوص الحكم» و «مصباح الانس»: اين كتاب اثرى عرفانى‌