وتسميه بأمير المؤمنين(!) بترك ذلك إلا أنه لم يتراجع، وأعلن ثورته على المأمون العباسي سنة 199 هـ في مكة، وعندها أرسل له المأمون أحد قواده العسكريين فهزمه ، وأسر محمدا هذا، الذي خلع نفسه من الخلافة وإمرة المؤمنين ولبس شعار العباسيين، ثم أرسله القائد العباسي إلى خراسان فكان المأمون يأذن له بالدخول عليه باستمرار ويسترفقه معه في أسفاره، وفي إحدى سفراته من خراسان إلى جرجان وكان معه محمد بن جعفر توفي فجأة هكذا!

ويقال إنه لما مات نادى منادي المأمون: ألا لا تسيئنّ الظن بأمير المؤمنين فان محمد بن جعفر جمع بين أشياء في يوم واحد ، وكان سبب موته انه جامع وافتصد ودخل الحمام ومات.[1]

ونحن لا نستبعد أن يكون قد اغتيل بالسم، بعدما وأن ما نادى به منادي المأمون هو من باب : يكاد المريب أن يقول خذوني! فإنه بعدما أعلن ثورته وتسمى باسم أمير المؤمنين! وكان يركب للمأمون في حاشيته من بني هاشم ( أشبه ما يكون بالاستعراض) وقالوا إن المأمون كان يحتمل منه ما لا يحتمل من سائر الناس من الرعية، نحتمل أن يكون محمد بن جعفر قد شكل ملفًا

[1] ) مسند الإمام الصادق ( ع ) 1/ ٤٣٨