ومع ضعف الخليفة الرسمي، وتعنت مروان بن الحكم[ الذي كان أشبه بالخليفة الفعلي، كانت الأمور تتجه إلى ما حصل من مجيء وفود المعترضين من الكوفة ومصر، وتعاضدهم مع معترضي المدينة، ووجود دعم من قبل بعض أصحاب النبي وبعض زوجاته لتلك الاعتراضات، فكان أن داهم هؤلاء قصر الخلافة، وقتل الخليفة عثمان، ولم تنفع نداءات الإمام، ولا دفاع الحسنين ابنيه في صد ذلك الهجوم!

في هذا العهد ولا سيما بعد السنوات الست الأولى من حكمه، أي بدايات سنة 30 هـ كان ما تم بناؤه بين الخلافة الرسمية وبين البيت النبوي والعلوي، مع أصحاب علي الخلص، قد تراجع ليستقر عند نقطة الصفر. فلم نشهد مشاورات سياسية أو عسكرية، ولا استشارات فقهية وشرعية، وأبعد أصحاب الإمام في الغالب ليحل محلَّهم بنو أمية وحلفاؤهم.