هذه التربية العلمية والعملية التي حصلت لمحمد بن مسلم الثقفي أوصلته لأن يكون كما قال فيه بعض معاصريه " ما كان من الشيعة أفقه من محمّد بن مسلم" وأن يكون في أيام الإمام الصادق عليه السلام بمثابة المرجع الديني للشيعة لأهل الكوفة بل لأعيانهم وكبار أصحاب الأئمة كما يستفاد ذلك من توجيه الإمام الصادق عبد الله بن يعفور إلى محمد بن مسلم حيث قال ابن أبي يعفور: قلت لأبي عبد اللّه عليه السّلام: إنّه ليس كلّ ساعة ألقاك ولا يمكن القدوم ويجيء الرّجل من أصحابنا ويسألني وليس عندي كل ما يسألني عنه؟ قال: فما يمنعك من محمّد بن مسلم الثقفي فإنه سمع من أبي وكان عنده وجيها" ونلحظ في هذه الكلمة الإشارة إلى وجاهة محمد عند إمامه الباقر، وإلى سماعه وتلمذه عليه.

هذه الصياغة والتربية كانت في زمان الإمام الباقر، ونلحظ أنه بالرغم من أن بقاءه مع الإمام الصادق عليه السلام كان حوالي 34 سنة هي طيلة سنوات إمامته عليه السلام، بينما كان في المدينة مع الإمام الباقر أربع سنوات ، وربما ما بعدها يصل إلى خمس عشرة سنة وهو نحو نصف مدة البقاء في إمامة الصادق عليهما السلام إلا أنه أخذ عن الباقر ثلاثين ألف حديث وعن الصادق ستة عشر ألفًا.

ولمعرفة الإمام بكفاءاته فقد أعطاه موقعًا متميزا بين شيعة