شهر سرازير گشتند. خليفه بيرون آمد و همراه فرماندهان بزرگ سپاه و كارمندان دولت خود را تسليم هولاكو گردانيد. سپس به مردم بغداد فرمان داده شد كه سلاحهايشان را زمين بگذارند و كشتار وحشتناك آنان آغاز گرديد. در مدت چهل روز حدود هشتاد هزار تن از ساكنان شهر هلاك گشتند. تنها چند نفرى كه از ترس درون كانالهاى آب پنهان شده بودند زنده ماندند. علاوه بر آن شمارى پسر و دختر جوان نيز زنده ماندند كه به اسارت رفتند.

همچنين مسيحيانى كه به كنيسه‌ها پناه بردند نيز طبق فرمان طقزخاتون از سوى هيچ كس مورد تعرض قرار نگرفتند. [1]

پخش اخبار نابودى بغداد در سراسر آسيا تأثيرى عميق نهاد. مسيحيان آسيا شادمان شدند و سرمست از پيروزى از سقوط دوم بابل سخن به ميان آوردند. به هولاكو و طقزخاتون آفرين گفتند و آن دو را كنستانتين و هلينا خواندند. به ويژه آنكه هولاكو پاتريك نسطورى- ماكيتا- را اموال اوقافى فراوانى بخشيد و يكى از قصرهاى خليفه را به عنوان پايگاه و كنيسه به وى اختصاص داد.

سپس هولاكو آهنگ مِيّافارقين كرد كه سلطان ايوبى كامل محمد بر آن حكم مى‌راند. وى از تسليم در مقابل هولاكو سر باز زد و كشيش يعقوبى را كه هولاكو براى قانع ساختن وى به تسليم فرستاده بود كشت. هولاكو در آغاز سال 1260 م با كمك همپيمانان ارمنى و كَرْجى خود بر

[1] . هولاكو مدت پنج روز خليفه مستعصم را نگه داشت و سپس در روز 15 شباط (فوريه) سال 1258 م وارد شهر و قصر خليفه گرديد. پس از آنكه خليفه جاهايى را كه خزانۀ دولت و گنجهايش را پنهان كرده بود نشان داد فرمان قتل وى را صادر كرد. در همين اثنا كشتار در شهر ادامه داشت و مردم چه آنهاكه تسليم شدند و چه آنها كه نشدند به قتل رسيدند. زنان و كودكان با مردانشان كشته شدند. يكى از مغولان در يكى از خيابانهاى فرعى چهل نوزاد را پيدا كرد و همه را كشت. اما كرچيها كه پيش از همه به باروهاى شهر حمله كردند در نابودى، كشتار و ويرانى به سخت‌گيرى و سنگدلى شهرت داشتند. خانه‌ها و بازارها در معرض غارت و آتش‌سوزى قرار گرفت. كتابهاى فراوان كتابخانه‌هاى بغداد را به دجله ريختند، به طورى كه رنگ آب سياه شد. در پايان ماه آذار (مارس) سال 1258 م جنازه‌ها بوى گند گرفت و كسى نبود كه آنان را دفن كند. هولاكو از بيم ابتلاى سپاه خود به بيماريهاى واگيردار فرمان داد شهر را ترك كنند. بسيارى از مغولان از ترك شهر ناراحت بودند، چرا كه اعتقاد داشتند هنوز هم گنجهايى كه بتوان پيدا كرد در شهر وجود دارد. هولاكو بخش بزرگى از غنايمى را كه خلفاى عباسى ظرف پنج سده اندوخته بودند براى برادرش منكو فرستاد. سپس به همدان رفت و در جايى به نام «شها» بر ساحل درياچۀ اروميه دژى استوار بنا كرد و همۀ طلا و جواهر و گنجينه‌هاى باارزشى را كه به دست آورده بود در آن به وديعت نهاد. بغداد هيچ‌گاه به حال پيشين خود باز نگشت به طورى كه در چهل سال بعد وسعتش به يك دهم وسعت پيشين هم نرسيد.