امام عليه السلام در مرحله دوم به‌صورت جدّى تهديدشان كرد و فرمود:

از اين بيمتان مى‌دهم كه مبادا بى‌تكيه بر برهان روشنى از پروردگارتان و بى‌همراه داشتن حجتى نيرومند، در گوشه و كنار رود نهروان و در اندرون اين گودالها، از شما جز اجسادى بى‌جان بر جاى نماند. [1]

سرانجام چنين شد و اين گروه با دست پرتوان امام عليه السلام به هلاكت رسيدند ولى با اين وصف خوارج در تاريخ، به‌صورت جريانى فكرى حضور دارد چنانكه حضرت على عليه السلام آن را پيش‌بينى كرده و فرمود:

«كَلَّا وَاللَّهِ انَّهُمْ نُطَفٌ فى‌ اصْلابِ الرِّجالِ وَ قَراراتِ النِّساءِ كُلَّما نَجَمَ مِنْهُمْ قَرْنٌ قُطِعَ حَتَّى يَكُونَ آخِرُهُمْ لُصُوصاً سَلَّابينَ» [2]

نه به خدا سوگند، آنها نطفه‌هايى در پشت مردان و رحم زنان خواهند بود كه هر زمان شاخى از آنها سر برآورد و آشكار شود قطع مى‌گردد، تا اينكه آخرشان دزد و رهزن خواهند شد.

[1] - نهج‌البلاغه، خطبۀ 36، ص 80.

[2] - همان، خطبۀ 60، ص 93.