يكى‌از مفاهيم مهمى كه امام سجّاد در دعاها به تبيين آن پرداخت، مفهوم امامت بود.

1 - در دعاى عرفه مى‌فرمايد:

«پروردگارا رحمت فرست بر پاكيزه‌تران از اهل بيت او كه ايشان را براى قيام به امر خود برگزيده‌اى و خزانه‌داران علم و نگهداران دين و جانشينان خويش در زمين و حجتهاى خويش بر بندگان خود قرار داده‌اى و ايشان رابه خواست خود از پليدى و آلودگى يكباره پاك كرده‌اى و وسيلۀ توسل به خود و راه بهشت خود ساخته‌اى.»

در فراز ديگر از همين دعا مى‌فرمايد:

«خدايا تو در هر زمانى دين خود را به وسيلۀ پيشوايى تاييد فرموده‌اى كه او را براى بندگانت به عنوان عَلَم و در كشورهايت به جاى نورافكن بر پا داشته‌اى؛ پس از آنكه پيمان او را با پيمان خود به پيوسته و او را وسيله خشنودى خود ساخته‌اى و طاعتش را واجب كرده‌اى و از نافرمانيش بيم داده‌اى ... خدايا آنچه از نشانه‌هاى دينت كه ستمكاران ميرانده‌اند، به وسيلۀ او زنده ساز و زنگ جور ظالمان را به مدد او از شريعت بزداى و....»1

در اين دو فراز از دعاى شريف، امام به كنايه خود را حاكم منصوب از جانب خدا معرفى مى‌كند كه براى «قيام به امر خدا» و «نگهدارى دين» و «پشتيبانى دين» برگزيده شده است و اين عبارت صراحت در حكومت و تصدى امامت دارد كه عبارت است از تصدى دينى و دنيايى.

2 - در دعاى روز جمعه و عيد قربان مى‌فرمايد:

«خدايا اين مقام (خلافت و القاى خطبه و اقامه نماز عيد) مخصوص خلفا، برگزيدگان و امانت‌داران توست كه آنان را به درجه اعلاى معرفت و قرب اختصاص داده‌اى، ولى از طرف غاصبان، دستخوش غارت و چپاول گشته است.»2

د - در بيان مسائل فقهى

بين امام و فردى در يك مسأله فقهى مشاجره افتاد. امام براى اينكه به او بفهماند