على بن جعفر نزد پيشواى دهم عليه السلام بسيار محترم و ارجمند بود. بين او و «فارس بن حاتم» اختلافى پديد آمد و نزاعى درگرفت. «موسى بن جعفر» نامه‌اى خدمت امام عليه السلام نوشت و جريان نزاع آنان را به اطّلاع آن حضرت رساند و از او خواست تا تكليف وى را روشن كند كه در مسائل و مشكلات به كداميك از آنان رجوع كند. امام عليه السلام در پاسخ نوشت:

سزاوار نيست از مثل جنين مسأله‌اى پرسيده شود و نه در مثل چنين موضوعى شك شود. خداوند به «على بن جعفر» مرتبتى والا بخشيده و ما در بازداشته از اين كه او با فردى مثل «فارس بن حاتم» مقايسه كنيم. بنابراين، به گاه نياز، به على بن جعفر رجوع كنيد و از «فارس» دورى گزينيد و او را در هيچيك از امور خود راه ندهيد .... [1]

على بن جعفر به جرم جانبدارى از مكتب امامت، مورد خشم دستگاه خلافت عباسى قرار گرفت. جاسوسان از او نزد متوكّل سعايت كردند، كه منجر به دستگيرى و به زندان افكندن وى شد. وى مدت زيادى در زندان بود، تا آنكه يكى از درباريان و نزديكان متوكّل، در قبال دريافت سه هزار دينار تعهّد كرد او را از زندان آزاد كند؛ ولى خبر به متوكّل رسيد، سخت مخالفت كرد و گفت: او وكيل ابوالحسن است و من تصميم بر قتل او دارم. على بن جعفر، پس از آگاهى ازتصميم متوكّل، سخت بيمناك شد. نامه‌اى به امام هادى عليه السلام نوشت و موقعيّت دشوار و خطرناك خود را براى آن حضرت بازگفت. امام عليه السلام در پاسخ نوشت كه در فكر او هست و برايش دعا خواهد كرد و از او عذر خواهى نمود. [2]

«ابوجعفر عَمْرى» نقل مى‌كند: «ابوطاهر بن بلال [3] در سفر حج ديد على بن جعفر

[1] - اختيار معرفة الرجال، ج 2، ص 807، رديف 1005 در همين منبع، ص 809، رديف 1009، روايت ديگرى به همين مضون ازقول ابراهيم بن محمّد همدانى نقل شده است

[2] - همان، ص 865، رديف 1129

[3] - ابوطاهر از عناصر نامطلوب دوران امام حسن عسكرى عليه السلام و امام زمان عليه السلام بود و به دروغ از سوى امام حسن عليه السلام ادّعاى وكالت مى‌كرد. اموالى از امام عليه السلام نزد وى بود. و از تحويل آنهابه «محمّد بن عثمان» نايب خاصّ امام زمان عليه السلام خوددارى كرد؛ از اين رو شيعيان از وى بيزارى جسته و او را موردلعن قرار دادند. (ر. ك: الغيبة، ص 245)