و مبارزه با مفسدان بود، براى انجام امور ادارى كشور و دفاع از كيان اسلام، احتياج به نيروهايى خودساخته، مقاوم و آگاه داشت، ولى بر اثر سياست‌هاى گذشته و بافت به وجود آمده جامعه، نيروهاى كافى و دلخواه براى امام فراهم نبود.

اميرمؤمنان عليه السلام پيوسته سعى مى‌كرد در انتخاب كارگزاران كشور و فرماندهان نظامى بهترين‌ها را انتخاب كند، اما گاهى نيز با كمبود نيروى انسانى كارآمد رو به رو مى‌شد و شايد بتوان حضور موقتى بعضى از كارگزاران معلوم الحال همچون «زياد بن ابيه» را در سمت استاندارى فارس و «اشعث بن قيس» را در آذربايجان، به همين علّت دانست.

على عليه السلام در نيروهاى رزمى نيز با مشكلاتى از قبيل اختلاف، كم‌كارى، پيروى نكردن از رهبر و .. روبه رو بود، از اين رو خطاب به آنان فرمود:

... آگاه باشيد سوگند به آن كسى كه جان من به دست اوست اين گروه (لشكر شام) بر شما غلبه خواهند كرد، نه به خاطر آن‌كه آنها به حق سزاوارترند از شما، بلكه از جهت عجله ايشان است در باطل صاحبشان معاويه. آنها در انجام فرمان و اغراض باطل او با عجله مى‌كوشند و شما در انجام (دستورهاى) حق من كندى مى‌كنيد. شما را براى رفتن به جهاد و جنگيدن با دشمن طلبيدم و نرفتيد و (سود رفتن و زيان نرفتن را) گوشزد شما كردم و نشنيديد ... اى كسانى كه بدن‌هاشان حاضر و عقل‌هاشان ناپيدا و خواست‌هاشان گوناگون (و به سبب نفاق آنان) رهبرانشان گرفتارند، امير شما، خدا را اطاعت مى‌كند و شما به دستور او رفتار نمى‌كنيد و رئيس اهل شام خدا را معصيت مى‌كند و آنان مطيع او هستند.