در آغاز خود را خيرخواه مردم نشان دادند، اما در باطن و پنهانى به قصد براندازى حكومت اسلامى مبتنى بر اصل ولايت فقيه، تلاش مى‌كردند.

همسانى كار منافقان در زمان پيامبر (ص) و انقلاب اسلامى و همينطور جنگ تحميلى بخوبى مشاهده مى‌شود. وقتى جنگ تحميلى عراق عليه ايران آغاز شد، مردم ايران به فرمان امام خمينى قدس‌سره به سوى ميدانهاى جنگ روانه شدند، اما منافقان بر خلاف اين جريان عمومى از شركت در جنگ خود دارى كرده، براى رفتن به جنگ از امام اجازه ويژه مى‌خواستند كه بطور متشكل و مستقل وارد شوند، در حالى كه وظيفه روشن بود.

با اين وجود تا زمانى كه جريان نفاق در جمهورى اسلامى به كار سياسى مشغول بود و كارشكنيها و مزاحمتهاى فراوانى هم پديد آورده بود، برخورد جدى با آنان نشد، اما از زمانى كه اعلام نبرد مسلحانه عليه نظام جمهورى اسلامى كردند و بمب گذاريها و ترورها را آغاز كردند، ناگزير با آنان برخورد نظامى شد، در حالى كه جريان نفاق در صدر اسلام هرگز دست به مبارزه نظامى با حكومت پيامبر (ص) نزد، از اين‌رو پيامبر (ص) هم با آنان برخورد نظامى نداشت.