با تحميل جنگ جمل بر امام على (ع)، ابوايوب به منظور يارى آن حضرت به بصره رفت و در حضور امام، از نظر على (ع) حمايت كرد و آمادگى خود را براى جنگ با بيعت شكنان اعلام نمود. با سخنان وى و همراهانش، جلوى هر گونه تضعيف احتمالى گرفته شد. [2]

با شروع جنگ صفين، وقتى ابوايوب با شتاب به طرف دشمن در حركت بود، سران «ازد» كه صحابى پيامبر (ص) را ذوق زده ديدند، او را سرزنش كردند كه چطور مى‌خواهد با گويندگان لااله‌الا اللَّه بجنگد. [3] وى پاسخ داد:

پيامبر (ص) به ما سفارش كرد كه همراه على با ناكثين بجنگيم. با آنان جنگيدم. همچنين سفارش كرد كه با قاسطين بجنگيم و اين حركت ماست به سوى آنان و نيز سفارش كرد كه با مارقين بجنگيم، البته من هنوز آنان را نديده‌ام، امّا با آنان نيز خواهم جنگيد. [4]

پيش از شروع جنگ نهروان، حضرت على (ع) دستور داد تا جنگ با خوارج را شروع نكنند و براى اتمام حجت پرچم امان را به دست ابوايّوب سپرد. با اين كار حدود هشت هزار نفر از آنان دست از مخالفت كشيدند و امان خواستند. [5] وى در اين جنگ فرماندهى سواره نظام سپاه آن حضرت را عهده‌دار بود. [6]

بعد از نهروان، امام على (ع) دو بار قصد جنگ با معاويه را كرد و ابوايوب فرمانده ده هزار نفر شد [7]، ولى شهادت امام على (ع) آن را به تعويق انداخت. پس از شهادت آن حضرت، ابوايوب در لشكر امام حسن (ع) براى مقابله با معاويه حضور داشت و پس از صلح امام با معاويه همراه آن حضرت به مدينه آمد. [8]

ابوايوب در سال پنجاه هجرى در جنگ با روميان بيمار شد و وصيت كرد تا پس از مرگش، بدنش را برداشته و آن قدر در خاك دشمن پيشروى كنند كه ديگر امكان پيشروى نباشد؛ سپس

[1] . اعيان الشيعه، ج 6، ص 285؛ تاريخ طبرى، ج 4، ص 423

[2] . شرح نهج‌البلاغه، ابن ابى الحديد، ج 7، ص 39

[3] . جامع الرواة، ج 1، ص 291؛ اعيان الشيعه، ج 6، ص 285

[4] . شرح نهج‌البلاغه، ابن ابى الحديد، ج 3، ص 207؛ تاريخ ابن عساكر، ج 5، ص 44

[5] . مناقب، ج 3، ص 189؛ كامل، ج 3، ص 345

[6] . الامامة و السياسة، ابن قتيبه، ج 1، ص 131

[7] . مناقب، ج 3، ص 194

[8] . صلح امام حسن، آل ياسين، ترجمۀ رهبر معظم انقلاب، ص 133