بسيار نامطلوب بود، به‌طورى كه اگر كسى فلسفه مى‌خواند، يا تدريس مى‌كرد، مورد تكفير افراد متحجّر و مقدّس‌نما قرار مى‌گرفت. امام در ترسيم وضعيت فلسفه در آن دوران مى‌فرمايد:

وضع فلسفه هم به‌صورت امروز نبود، آقاى شاه‌آبادى قدس سره مى‌گفت: مرحوم آقاميرزا على‌اكبر يزدى كه يكى از فلاسفه بزرگ و مردى عالم و صادق و پرهيزكار بود، وقتى فوت كرد شخصى براى تعريف از او در منبر گفت: خودم ديدم كه او قرآن مى‌خواند! [1]

در جاى ديگر مى‌فرمايد:

ما كه آمديم قم، مرحوم آقا ميرزا على‌اكبر حكيم- خدا رحمتش كند- در قم بود [و به تدريس فلسفه مى‌پرداخت‌] وقتى كه حوزه علميه قم تأسيس شد يكى از مقدسين- آن هم خدا رحمتش كند- گفته بود: ببين اسلام به كجا رسيده است كه درِ خانه آقا ميرزا على‌اكبر باز شد! [2]

امام قدس سره در چنين موقعيتى احساس وظيفه كرده، براى مبارزه با تحجّرگرايى و افكار پوچ و جريانات مخالف دين، دست به كار تدريس فلسفه شد. فلسفه ايشان فلسفه صدرالمتألّهين قدس سره [3] بود كه حدود بيست سال آن را تدريس مى‌كرد. [4]

مرحوم حاج سيد احمد خمينى درباره اوضاع نابسامان فلسفه در حوزه علميه قم و احساس وظيفه امام قدس سره در شكستن جوّ فلسفه‌زدايى مى‌فرمايد:

متحجّرين شرايط را جورى مهيّا ساختند كه وقتى مى‌خواستند كتاب منظومه را از جايى بلند كنند از انْبُر استفاده مى‌كردند و لمس كردن آن را نجس مى‌دانستند، يا فرضاً اگر كسى فلسفه مى‌خواند او را بى‌دين مى‌دانستند. امام شكستن جوّ متحجّر را در درون حوزه قم قدم اوّل مبارزه تشخيص دادند.» [5]

[1] - صحيفۀ نور، ج 18، ص 79-80

[2] - تفسير سورۀ حمد، امام خمينى قدس سره، ص 189

[3] - يعنى به مبانى فلسفى مرحوم صدرالمتألّهين معتقد بود

[4] - ر. ك: پا به پاى آفتاب، ج 2، ص 232

[5] - مجلّۀ حضور، شمارۀ 1، خرداد 1370، ص 9