پس از گذراندن مراحل تدريس دروس سطح در 44 سالگى (سال 1364 ه. ق.)، همزمان با ورود آيةالله بروجردى قدس سره به قم، به تدريس دروس خارج [1] فقه و اصول پرداخت كه بزودى حوزه درسى ايشان به يكى از مهم‌ترين و پرجمعيت‌ترين حوزه‌هاى درسى آن روز تبديل شد.

امام راحل قدس سره در فن اخلاق و تدريس آن نيز استادى منحصر به فرد بود و ساليان متمادى با بيانات شيواى خود به تربيت و تهذيب صدها نفر از فضلاى حوزه و غيره پرداخت و آن‌ها را از انفاس قدسى خود بهره‌مند مى‌ساخت.

حوزه پرجاذبه درسى حضرت امام قدس سره را در محورهاى زير مى‌توان خلاصه كرد:

1- تدريس فلسفه‌

«امام خمينى قدس سره تدريس كتب فلسفى را در سال 1347 ه. ق.- كه بيش از 27 سال نداشت- آغاز نمود، ليكن دقت و احتياط كامل را در انتخاب شاگرد و كتابى كه بايد مورد بحث قرار گيرد، مى‌كرد و مقيّد بود كه در مجلس درس فلسفه ايشان افراد ساخته شده، فاضل و معتقد راستين شركت نمايند و با وجود اين، با امتحان كتبى و شفاهى- كه مرتّب از شاگردان درس فلسفه خود به عمل مى‌آورد- شاگردان را كنترل مى‌كرد و اگر فردى شايستگى آموختن اين علم را نداشت از شركت او در مجلس درس جلوگيرى مى‌نمود.

چه‌بسا اتفاق مى‌افتاد كه مى‌ديد در مجلس درس، افراد ناباب و كم‌جنبه شركت جسته‌اند كه ممكن است به انحراف و گمراهى كشيده شوند، از درس گفتن خوددارى مى‌ورزيد و از مجلس درس خارج مى‌شد، ضمناً همزمان با تدريس فلسفه براى افراد شايسته و مورد اعتماد به‌طور خصوصى و سرّى، بحثى از علوم عرفان نيز شروع كرد.» [2]

گفتنى است كه در دوران جوانى حضرت امام قدس سره، وضعيت فلسفه در حوزه‌هاى علميه‌

[1] - دورۀ خارج، قسمت نهايى برنامۀ درسى حوزه و شامل فقه و اصول استدلالى مبسوط‌ و مشروح است. دراين دوره كتاب معيّنى تدريس نمى‌شود و استاد، پس از عنوان كردن هر مسأله از مسائل فقهى يا اصولى، ملاك علمى‌اى را كه در آن مسأله موجود است، ذكر نموده و پس از بيان مهم‌ترين نظرات مجتهدين گذشته و تحقيق كافى پيرامون آن‌ها، آنچه را كه به نظر خودش مى‌رسد با برهان و استدلال عقلى و نقلى بيان مى‌كند

[2] - بررسى و تحليلى از نهضت امام خمينى، ج 1، ص 38