گروهى از ايرانيان آزاديخواه در استانبول تشكيل شده بود، از آنان خواست «به توسط سفراء و جرايد رسميۀ دول معظمه» رسما اعلام كنند كه به موجب اصل 24 و 25 «نظامنامۀ اساسى» دولت ايران حق هيچ‌گونه معاهده و استقراض بدون امضاى پارلمان ندارد و نيز جواهرات موجود در خزانۀ تهران متعلق به ملت ايران است و هرگاه وامى به محمدعلى شاه داده شود، ملت آن را معتبر نخواهد شمرد و در برابر آن مسئوليتى نخواهد داشت. پس از آن آخوند طى اعلاميه‌اى كه ميرزا حسين تهرانى و شيخ عبدالله مازندرانى هم آن را امضا كردند، از مردم ايران خواست كه از پرداختن ماليات به مأموران محمدعلى شاه خوددارى كنند و در سرنگون كردن حكومت او بكوشند. اين 3 تن، همچنين طى اعلاميه‌اى، از انقلابيون مسلمان قفقاز، تفليس و مناطق ديگر خواستند كه به كمك انقلابيون تبريز بشتابند و به استبداد قاجاريه پايان دهند.

اسناد و زارت خارجۀ انگلستان حاكى از آن است كه دولت‌هاى روس و انگليس در اين دوران با يكديگر توافق كرده بودند كه به منظور آرام كردن مردم، شاه را به قبول نوعى مشروطيت صورى وادارند و از سوى ديگر، همۀ تلاش خود را براى دور كردن علماى دينى از منازل فعاليت سياسى به كار برند. از اين رو دو دولت طى يك يادداشت مشترك از آخوند و ساير رهبران مشروطه‌خواه مقيم عراق خواستند كه فعاليت سياسى خويش را متوقف كنند و رهبران گروه‌هاى مشروطه‌خواه داخل كشور را به ميانه‌روى فرا خوانند. در اين يادداشت همچنين آمده بود كه پايان بخشيدن به فعاليت‌هاى سياسى به سود خود مجتهدان خواهد بود. علما به اشاره تهديد آورى كه در اين يادداشت بود، وقعى ننهادند و به ويژه آخوند، همچنان آشتى‌ناپذير باقى ماند. از اين تاريخ در رسانه‌هاى گروهى انگلستان مطالبى به‌شدت خصمانه بر ضد آخوند انتشار يافت. در همين ايام علماى نجف تحت رهبرى آخوند تصميم گرفتند به منظور كسب آگاهى بيشتر از كيفيت نبرد مشروطه‌خواهان ايران و شرايط كار و نيز رهبرى مشروطه‌خواهان از نزديك، دسته‌جمعى به ايران سفر كنند، اما وقتى به كربلا رسيدند، آگاهى يافتند كه نيروهاى سپهسالار تنكابنى و سردار اسعد بختيارى تهران را اشغال كرده و محمدعلى شاه را از پادشاهى بر كنار ساخته‌اند. پس از آن سران سياسى جنبش بر بى‌اعتنايى خود نسبت به مذهب و روحانيون افزودند. در نتيجه، گروهى از علماى مخالف مشروطه، از جمله آقا سيد كاظم يزدى كه شركت در اين جنبش را حرام شمرده بودند، به نكوهش علماى مشروطه‌خواه پرداختند.

آخوند از عملكرد سران سياسى مشروطيت به‌شدت انتقاد كرد، اما همچنان به دفاع از اصل مشروطيت ادامه داد. سرانجام به منظور كسب آگاهى از نزديك و جلوگيرى از كج‌روى ها، تصميم گرفت به همراه جمعى ديگر از علما به ايران سفر كند، اما ناگهان در نجف درگذشت. مرگ او طبيعى تلقى نشد و اينكه عمال انگلستان او را مسموم كرده‌اند، محتمل مى‌نمايد. چهارده ماه پيش از آن، شيخ عبدالله مازندرانى به مناسبتى اعلام داشته بود كه زندگى او و آخوند آماج تهديد شده است.

آخوند خراسانى به سبب تبحر و نورآوريهايش در فن اصول، شهرت علمى عظيمى كسب كرده است.

مهم‌ترين اثر او، كفايه الاصول، كتاب درسى طلاب در پايان دوره سطح است كه اغلب پايۀ كار مدرسان خارج