اخراج شاگرد از مجلس درس انجامید، اما به هر حال بسیاری از مسائل و دانش پزشکی، را در این مدت از یوحنا فراگرفت.4 وی سپس راهی بصره شد و نزد خلیل بن احمد اقامت گزید و در زبان و ادبیات عرب از جمله نحو به مهارت رسید و پس از آن کتاب العین خلیل را به بغداد آورد. بازگشت مجدد وی به بغداد از سویی و اشتیاق وافر وی به فراگیری دانش طبّ از سویی دیگر زمینه ای فراهم آورد تا وی در موضوعات مختلف پزشکی از جمله معالجه امراض گوناگون به ویژه چشم پزشکی و ساخت داروهایی که برای امراض چشم مفید است، به تحقیق بپردازد و از متخصصان این علم گردد. شهرت و توانایی حنین سبب شد تا به دربار متوکل (خلافت 232 ـ 247 هـ ) راه یافته و در زمره پزشکان مخصوص وی درآید و به ریاست گروه اطبای بغداد منصوب شود. حنین علاوه بر دانش پزشکی به لغات و زبان های گوناگون دیگری نیز آشنا بود و توانایی کامل داشت و بخش عمده آن را در سفری که به روم داشت، به دست آورد.5 ابن ابی اصیبعه می نویسد: حنین به چهار زبان سریانی، یونانی، فارسی و عربی کاملا تسلط داشت و ترجمه هایش در نهایت خوبی بود.6 ابومعشر بلخی نوشته است: مترجمان برجسته و نیکنام در جهان اسلام چهار نفرند و حنین بن اسحاق از جمله آنهاست. قاضی صاعد اندلسی می گوید: ترجمه های خوب و گرانسنگ حنین سبب شد تا بسیاری از مسائل و مشکلات کتاب های بقراط و جالینوس برای ما روشن گردد.7 به گفته ابن خلکان، اگر نبود ترجمه های مفید و روشنگر حنین چه بسا بسیاری از علوم قدیم که نوعاً به زبان یونانی و سریانی بود، در همان منطقه جغرافیایی همان ملل محصور می شد و برای ملل و اقوام دیگر قابل استفاده نبود.8 به هر حال آوازه شهرت حنین چنان بالا گرفت که نه تنها استاد دانش پزشکی وی یوحنا رابطه دوستانه تازه ای با وی برقرار ساخت و او را گرامی می داشت، بلکه بنوموسی نیز که خود از خاندانی دانشمند و مشهور بودند، او را جذب کرده و به ترغیب او به ترجمه کتاب های یونانی و سریانی به عربی پرداختند و او را اکرام و احترام نمودند. از آن گذشته، وی در دربار متوکل نه تنها به عنوان پزشک شهرت داشت، بلکه به دستور متوکل گروهی برای ترجمه تشکیل شد و حنین به ریاست آن منصوب گردید و مترجمانی چون اصطفن بن بسیل و موسی بن خالد در گروه به ترجمه اشتغال داشتند. گفته شده که وی مورد احترام خلیفه بود و از جانب خلیفه برای او ثروت و شهرت عظیمی فراهم آمده بود.9 بنابر روایتی که صفدی نقل کرده، مأمون خلیفه عباسی در مقابل هر ترجمه ای که حنین انجام می داد، به مقدار وزن آن طلا پرداخت می کرد.10 حنین در شعر نیز دستی داشت و خطیبی زبان آور و فصیح به شمار می رفت. از شاگردان وی کسانی چون خواهرزاده اش حبیش بن حسن أعسم11 و عیسی بن یحیی بن ابراهیم را می توان نام برد.12 وی به سال 26013 یا 264 هـ درگذشت14 و آثار فراوانی از خود بر جای گذاشت که عبارت اند از: احکام الاعراب علی مذهب الیونانیین المسائل فی الطب للمتعلمین الحمام اللبن الاغذیه علاج العین تقاسیم علل العین اختیار ادویة علل العین علاج امراض العین بالحدید آلات الغذاء الاسنان و اللثه الباه معرفة اوجاع المعده و علاجها کتابی درباره جزر و مدّ دریاها کتابی درباره علت شوری آب دریا الالوان التریاق کتابی درباره بول به روش پرسش و پاسخ المولودین لثمانیة اشهر العین علی طریق المسألة والجواب ذکر ماترجم من الکتب کتاب قاطیغوریاس علی رأی ثامسطیوس رسالة الی الطیفوری فی قرص الورد القروح و تولده الآجال تولد النار بین الحجرین تولد الحصاة اختیار الادویة المجربّه تدبیرالناقه کتاب الی ابن المنجم فی استخراج کتبه کتب جالینوس15 اختصار ستة عشر کتاباً لجالینوس اختلاف الطعوم اختیار ادویة المحرقه اسرارالادویة المرکبه اسرارالفلاسفة فی الباه اسماءالادویة المفرده افعال الشمس و القمر امتحان الاطباء تاریخ العالم و المبدأ و الانبیاء و الملوک الی زمان المتوکل تدبیر الاصحاء تدبیر السوداویین تدبیر المستسقین ترکیب العین تسمیة الاعضاء تفسیر کتاب الادویة المکتومة لجالینوس تفسیر کتاب حفظ الصحة لروفس الکبیر ثمار تفسیر جالینوس لکتاب ابقراط فی تدبیر الامراض الحاده ثمار تفسیر جالینوس لکتاب بقراط فی جراحات الرأس ثمار تفسیر جالینوس لکتاب الفصول ثمار تفسیر جالینوس لکتاب تقدمة المعرفه ثمار تفسیر جالینوس لکتاب بقراط فی الاهویة و الازمنه ثمار السبعة عشرمقالة من تفسیر جالینوس ثمار المقالة من تفسیر جالینوس لکتاب طبیعه الانسان جمل مقالة جالینوس فی اصناف الغلظ الخارج من الطبیعه جوامع کتاب جالینوس فی الحث علی تعلم الطب جوامع کتاب جالینوس فی کتب بقراط الصحیحه و غیر الصحیحه جوامع کتاب المنی لجالینوس جوامع المقالة الاولی و الثانیه و الثالثه من کتاب ابیذیمیا لابقراط خواص الاحجار شرح کتاب الفراسة لارسطاطالیس میاه الحمامات