وأصبح الوضع أشبه بالحرب الباردة في البداية، لتتطور فيما بعد إلى التسخين التدريجي. وذلك أنه ترافق مع ظهور بارز لتحكم بني أمية في خلافة المسلمين، ومع سياسات مالية لم تكن في عهد من سبقه من الاستئثار بأموال المسلمين، ومحاباة الأقارب والأرحام، أشار إليها الإمام بقوله " وقام معه بنو أبيه يخضمون مال الله خضمة الإبل نبتة الربيع " وفي التشبيه ما يكفي لبيان الواقع.

إضافة لذلك لم يكن الخليفة عثمان يرعى حق الإمام وموقعه في الإسلام، وربما يرى بعض الباحثين أن بعض ذلك منطلق من أن عليًّا عليه السلام نكأ جراح بني أمية بقتل سادتهم وكبارهم في بدء الإسلام. والخليفة يرتبط بهم برابط القربى. كما أن الاختلاف بين الشخصيتين واضح.

وزاد الطين بلة أن الخليفة عثمان بدأ من حوالي سنة 29 هـ، بتطبيق (اجتهاداته) التي تتخالف مع السنة النبوية وما ورثه علي عليه السلام من النبي! في الوضوء الثلاثي والصلاة وأحكام القصر والتمام في الحج، وكان علي عليه السلام يصحر بالقول والفعل أن ذلك مخالف لسنة النبي، وكان يخالفه عمليًّا.

كل ذلك جعل العلاقة متوترة بشكل شبه دائم، وانعكس