شرايط و شايعات، مصلحت را در عزل قيس و نصب محمد بن ابى بكر به جاى وى ديد. قيس پس از انتقال تجربيات خود به حاكم جديد مصر، به سوى مدينه بازگشت. [1]

2. فرماندهى در جنگ: قبل از آغاز پيكار جمل، حضرت على (ع) امام حسن (ع) و عمّار و قيس را براى سرزنش ابوموسى و آوردن نيروهاى كمكى از كوفه راهى اين شهر كرد. پس از امام حسن (ع) و عمّار، قيس ضمن سخنان و اشعارى، كوفيان را به پيوستن به امام تشويق نمود. [2]

او در ميدان جنگ نيز فرمانده يك گروه هزار نفرى بود و نقل شده كه هنگام رژه سوار بر اسبى سرخ موى بود، در حالى كه لباس و كلاه سفيد و عمامه زرد رنگ و كمانى به شانه و شمشيرى آويخته داشت. [3]

3. در جنگ صفين: قبل از آغاز جنگ، قيس در نظرخواهى آن حضرت از يارانش، موافق جنگ با معاويه بود و بر آن اصرار داشت و جنگ با او را از جنگ با روميان و تركان خوشتر مى‌دانست. در اين جنگ او فرمانده پياده نظام بصره بود. در مرحله‌اى از اين پيكار معاويه براى نجات خود از مهلكه، هر يك از فرماندهان خود را مأمور ساخت تا با يكى از فرماندهان سپاه امام مبارزه كند. در اين راستا بُسر را مأمور رويارويى با قيس كرد. آن دو جنگ نمايانى كردند و در نتيجه قيس پيروز شد.

رشادتهاى ياران امام بخصوص قيس، معاويه را به جنگ روانى متوسل كرد و عليه انصار سخن گفت. قيس در مقابل اين تبليغات مى‌ايستاد، بگونه‌اى كه معاويه به عمروعاص گفت:

سخنور انصار، قيس بن سعد، هر روز در ميان انصار به سخن گفتن بر مى‌خيزد به خدا قسم وى بر آن است كه فردا ما را نابود كند. مگر خدا جلوى او را بگيرد.

4. در نهروان: با روشن شدن نتايج اسفبار حكميت، امام (ع) دوباره تصميم به جنگ با معاويه گرفت و ضمن نامه‌اى به قيس از او خواست تا با نيروهايش از آذربايجان به كوفه بيايد. او نيز چنين كرد و حضرت على (ع) فرماندهى مقدمه سپاه و فرماندهى شرطة الخميس را به او سپرد،

[1] . تاريخ يعقوبى، ج 5، ص 94؛ اعيان الشيعه، ج 8، ص 454

[2] . جمل، شيخ مفيد، ص 133

[3] . مروج الذهب، ج 2، ص 360