هنوز يك ماه از اين تبعيد نگذشته بود كه مالك موفق شد، اجازه مسافرت به مدينه را بگيرد. او ابتدا به كوفه رفت و همراه با معترضان به فساد سعيد (حاكم كوفه) به مدينه نزد عثمان آمد و عثمان قول داد تا سعيد را بركنار كند، ولى چنين نكرد. اشتر كه توان مالى براى اقامت در مدينه و كوفه را نداشت، صد هزار درهم از طلحه و زبير وام گرفت و آن را بين يارانش تقسيم كرد و پيش از آنكه سعيد به كوفه برسد، خود را به كوفه رساند، ده هزار مرد با او بيعت كردند و او در رأس اين نيروها به بيرون شهر رفت و با شمشير كشيده چنان لرزه‌اى بر اندام سعيد انداخت كه مجبور شد به مدينه باز گردد.

در جريان محاصره منزل عثمان، مالك به عنوان نماينده انقلابيون نزد عثمان رفت و به او گفت: مردم از تو مى‌خواهند يا از خلافت كناره‌گيرى كنى يا گذشته را جبران كنى و يا رفتارت را نيكو نمايى؛ در غير اين صورت آنها تو را خواهند كشت. عثمان نپذيرفت و اشتر از خانه بيرون رفت و در گوشه‌اى نشست. مردم به سوى خانه رفتند، آن را به آتش كشيدند و عثمان را كشتند.

اشتر در دوره امام على (ع)

پس از كشته شدن عثمان، سيل مشتاقان بيعت با اميرمؤمنان به سوى منزل آن حضرت جارى شد و اشتر در پيشاپيش آنها بود. اشتر، طلحه و زبير سه روز به آن حضرت اصرار مى‌كردند كه بيعت را قبول كند، ولى ايشان نمى‌پذيرفت، تا اينكه آن حضرت دست خود را به رسم بيعت به اشتر داد و بدين گونه او نخستين كسى شد كه با امام (ع) بيعت كرد. پس از وى طلحه و زبير و گروهى از مردم بيعت كردند و بيعت بقيه مردم به فردا در مسجد پيامبر (ص) موكول شد.

فرداى آن روز پس از نظرخواهى حضرت على (ع) از مردم درباره حكومتش، تمامى مردم بيعت كردند.

در جمل‌

پس از بيعت عمومى با امام على (ع)، عايشه كه آن هنگام در مكّه بود به بهانه خونخواهى عثمان فتنه را آغاز كرد. همين كه اشتر از اين خبر آگاه شد، ضمن نامه‌اى به عايشه نوشت:

تو همسر رسول خدا (ص) هستى و خدا به تو فرمان داده كه در خانه‌ات بنشينى. اگر اطاعت كردى براى تو بهتر است و اگر اصرار ورزيدى كه چوبدستى‌ات را به دست‌گيرى و حجابت را كنار بگذارى و موهايت را در نظر مردم ظاهر كنى، با تو خواهم جنگيد تا تو را به خانه‌ات باز گردانم.