عايشه بى‌درنگ، از بيم آنكه مالك به مكه بيايد و او را از حركت به بصره باز دارد، بسرعت فرمان عزيمت از مكه به بصره را صادر كرد.

امام على (ع) براى آمادگى رزمى جهت مقابله با فتنه گران (طلحه، زبير، عايشه) در ربذه اردو زد و فرستادگانى را براى همراه كردن اهل كوفه به آن شهر فرستاد، ولى ابوموسى حاكم كوفه با ايشان مخالفت كرد. مالك كه نگرانى امام را مشاهده نمود، گفت: اى امير مؤمنان! اگر صلاح بدانى مرا به دنبال آنها به كوفه بفرست، چون مردم اين شهر از من فرمانبردارترند و اگر من به كوفه بروم، انتظار دارم كه هيچ كس با من مخالفت نكند.

امام على (ع) پذيرفت و اشتر با شتاب به كوفه رفت و قبيله‌هاى بين راه را با خود به كاخ فرماندارى برده، وارد كاخ شد و با تازيانه، غلامان ابوموسى را از كاخ بيرون راند.

چون ابوموسى از مسجد به كاخ آمد، اشتر به او گفت: از كاخ ما بيرون رو، اى بى مادر! او نيز بيرون رفت. اشتر هم به مسجد آمد و خطبه‌اى مفصل ايراد كرد و به دنبال آن نه هزار جنگجو از راه خشكى به فرماندهى امام حسن (ع) و همين تعداد نيرو از راه آبى به سوى امام على (ع) حركت كردند. در جنگ جمل، مالك فرمانده جناح چپ لشكر امام على (ع) بود و هزار رزمنده تحت امر وى بودند. او در اين پيكار مانند ساير جنگها رشادتهاى بسيارى از خويش نشان داد.

پس از پايان جنگ جمل حضرت على (ع) او را به سمت فرماندارى «جزيره» [1] منصوب كرد.

در جنگ صفين‌

هنگامى كه حضرت على (ع) زياد بن نضر و شريح بن هانى را در رأس نيروهاى پيشتاز به سمت شام گسيل داشت و نيروهاى دشمن اظهار فرمانبرى نكردند، مالك را به سوى آن دو فرستاد تا فرماندهى كل آن نيروها را در اختيار گيرد و نامه‌هايى هم با اين مضمون به آن دو نوشت:

من مالك را فرمانده شما قرار دادم، بر شماست كه فرمانبر او باشيد. او كسى نيست كه وجودش مايه نگرانى باشد. او كسى نيست كه در جايى كه لازم است شتاب كند كندى پيشه كند، يا جايى كه بايد به كندى عمل كند، شتاب گيرد ...

نخستين جنگ مالك اشتر در صفين در ماجراى راندن دشمن از سلطه بر آب بود.

[1] . اعراب سرزمينهاى بين النهرين عليا را جزيره مى‌ناميدند، زيرا آبهاى دجله و فرات عليا جلگه‌هاى آنجا را در بر مى‌گرفت. (دهخدا)