صاحب مدارك و صاحب معالم اجازه أخذ كرد و مدتى خود از طريقۀ ايشان تبعيت مى‌كرد، اما ديرى نگذشت كه از روش استادانش روى برتافت و بر ضد گروه مجتهدان برخاست. برخى چنان مى‌پندارند كه تمامى گام‌هايى كه او برداشت، نتيجۀ تأثير افكار استادش ميرزا محمد استرابادى بر وى بوده است.

محمد امين تعاليم خود را در كتابى با عنوان الفوائد المدنيه تدوين كرده كه در ميان آثار او، اثرى شاخص است و از مهم‌ترين منابع در باب نظرات او و به‌طور كلى اخباريان محسوب مى‌شود.

علاوه بر محمد امين استرابادى، از پيروان تندرو و متعصب مكتب اخبارى در سده 11 قمرى بايد ار عبدالله بن صالح بن جمعۀ سماهيجى بحرانى صاحب منية الممارسين، نام برد كه به كثرت طعن بر مجتهدان شهره بود. شيخ يوسف بحرانى او را از اخباريان شمرده، و افزوده است كه وى به اهل اجتهاد بسيار ناسزا مى‌گفت، در حالى كه پدرش ملاصالح، اهل اجتهاد بود.

از ديگر رهبران تندروى اخباريان، ابو احمد جمال‌الدين محمد بن عبد النبى، محدث نيشابورى استرابادى، معروف به ميرزا محمد اخبارى بود كه از مجتهدان نامدار اصولى، مانند ميرزا ابو القاسم قمى، شيخ جعفر نجفى كاشف الغطاء، مير سيد على طباطبايى، سيد محمدباقر حجت‌الاسلام اصفهانى و محمد ابراهيم كلباسى به زشتى ياد مى‌كرد و با آنان دشمنى آشكار داشت.

ميرزا محمد هرگز از ابراز مخالفت آشكار با علماى اصول، چه در گفتار و چه در نوشتار، خوددارى نمى‌كرد و همين امر سبب شد تا حكم قتل او توسط علما و مجتهدان بنام آن زمان از جمله سيد محمد مجاهد، پسر ميرسيد على طباطبايى و شيخ موسى، پسر شيخ جعفر كاشف‌الغطاء و سيد عبدالله شبر و نيز شيخ اسدالله كاظمينى امضا شود.

در ميان كسانى‌كه شيوه محمد امين استرابادى را پسنديدند و به اخباريگرى گرايش پيدا كردند، فقيهان بزرگى را مى‌توان يافت كه در عين اعتقاد داشتن به مكتب اخبارى، داراى اعتدال و ميانه‌روى بودند و از شدت لحن و ستيزه‌جويى اخباريان تندرو، پرهيز مى‌كردند كه از آن جمله شيخ يوسف بحرانى شايستۀ ذكر است. او كه به سبب تأليف كتاب الحدائق الناضره به «صاحب حدائق» شهرت دارد، به اتفاق منابع، گر چه در ظاهر اخبارى بود، اما تعصب و تندروى نداشت و شيوه فقهى او روشى ميانه بين اخباريان و اصوليان بود.

بحرانى خود مدعى بود كه در شيوه فقهى بر مسلك محمد تقى مجلسى است كه حد وسط ميان اخباريگرى و اصوليگرى است. در اين ميان وحيد بهبهانى از مخالفت با شيخ يوسف بحرانى پرهيز نداشت و مردم را از خواندن نماز جماعت با او نهى مى‌كرد؛ در حالى كه صاحب حدائق، حكم كرد كه نماز خواندن به امامت وحيد بهبهانى صحيح است. چون شيخ يوسف را خبر دادند كه وحيد درباره وى چنين مى‌گويد، اظهار داشت كه «تكليف شرعى وى همان است كه او مى‌گويد و تكليف شرعى من نيز اين است كه بيان داشتم و هر يك از ما بر آنچه خداوند بر آن مكلفمان ساخته است، عمل مى‌كنيم».

از علماى اصولى نجف اشرف و ساير شهرهاى عراق در زمان شيخ يوسف بحرانى، به سبب نفوذ