عصر غيبت امام دوازدهم است كه بى‌شك در بارۀ آن حكمى وجود دارد حال اگر شخص مكلف بين وجوب خواندن يا وجوب ترك آن مردد باشد، اصل تخيير را اجرا مى‌كند. شك در مكلف به هنگامى تحقق مى‌يابد كه شخص مكلف نسبت به دو كار معين كه يكى از آن دو واجب و ديگرى حرام است، علم داشته باشد اما نداند كدام واجب و كدام حرام است مانند علم به وجوب يكى از دو نماز ظهر و جمعه و حرمت ديگرى و شك در مصداق واجب و حرام. در فرض اخير از آنجا كه وانهادن هر دو كار موجب مخالفت قطعى با حكم وجوبى مى‌شود و انجام دادن هر دو منجر به مخالفت قطعى با حرمت خواهد شد، عقل حكم مى‌كند كه مكلف يكى از دو كار را به اختيار خود برگزيند و عمل كند. (4)

شيخ انصارى مبحثى را به «اصل تخيير» اختصاص نداده، اما در ضمن عنوان عام «دوران امر بين محذورين» در باره آن در چهار مبحث فرعى تر بحث كرده است زيرا شك در حكم واقعى يا ناشى از دسترسى نداشتن به مستند حكم (فقدان نص) است، يا مستند حكم نارساست (اجمال نص) يا دو مستند ناسازگار در بارۀ آن وجود دارد (تعارض دو نص) يا ناشى از شبهه در مصداق است. در سه فرض نخست شبهۀ حكمى و در فرض چهارم شبهۀ موضوعى پديد مى‌آيد.

مثالى كه براى شبهۀ حكمى با فرض فقدان نص در منابع اصولى ذكر شده، آن است كه امت اسلامى در يك مسئله فقط دو قول داشته باشند. اصوليان امامى در اين فرض آراى متعددى ابراز داشته‌اند كه برخى از آنها مبتنى بر تفكيك دو مرحلۀ نظر و عمل است. اين آرا عبارتند از: 1) حكم به برائت عقلى و شرعى؛ 2) وجوب عمل به يك حكم معين و ترجيح جانب حرمت با استناد به اين حكم عقلى كه «دفع مفسده بر جلب منفعت ترجيح دارد»؛ 3) تخيير شرعى كه مراد از آن ممكن است تخيير واقعى يا ظاهرى باشد و نيز ممكن است تخيير در مقام عمل براى مكلف يا تخيير در فتوا دادن براى مفتى باشد؛ 4) تخيير عقلى در مقام عمل و توقف در مقام افتاء؛ 5) تخيير عقلى و حكم به اباحۀ شرعى؛ 6) فقدان حكم ظاهرى شرعى و وجود تخيير تكوينى.

مثال شبهۀ حكمى ناشى از اجمال نص فعل امر است كه گاه با توجه به سياق كلام معلوم نيست كه آيا مراد از آن تهديد است يا الزام. شبهۀ موضوعى نيز هنگامى تحقق مى‌يابد كه نسبت به يك شىء يا شخص خارجى از حيث مصداق واجب يا حرام بودن شك وجود داشته باشد. برخى اصوليان اين دو فرض را به صورت مستقل بررسى نكرده‌اند. ولى در برخى منابع حكم آنها نيز مانند فرض پيشين است.

در شبهات ناشى از تعارض دو نص مانند موردى كه در يك حديث به چيزى امر و در حديثى ديگر از همان چيز نهى شده باشد، بايد مبناى سببيت اخبار و مبناى طريقيت را از هم متمايز كرد. بر مبناى سببيت اخبار - يعنى بر اين اساس كه دلالت حديث بر وجوب يك چيز سبب شرعى وجوب آن است - بايد تخيير عقلى را پذيرفت زيرا در عمل كردن به مفاد هر دو خبر مصلحت وجود دارد و بنابراين دو حكم متعارض مانند دو عمل واجب مى‌شود كه تحقق آنها با يكديگر ممكن نيست.

اما براى مبناى طريقيت - يعنى بر اين اساس كه اخبار به اين علت حجيت دارند كه طريق دستيابى ما به حكم شرعى اند - هر دو خبر يكديگر را نفى مى‌كنند (تساقط)