شهيد ثانى تدريس رسمى در اين مدارس را براى حفظ و پاسدارى از تشيع جبل عامل بهترين وسيله تشخيص داده و از آن به عنوان يك پايگاه امن تا سال 955 ه ق استفاده كرده است.

در برخى از گزارش‌ها آمده وى حتى استفاده از شهادت را براى حفظ پايگاه فقاهتى تشيع در جبل عامل امرى مطلوب مى‌دانسته و آن را از عموم حرمت القاى نفس بر تهلكه مستثنا مى‌شمرده است (8) اين در حالى است كه وى در جاى‌جاى كتب فقهى همواره به شرايط زمان خود اشاره مى‌كند و جواز تصدى امور عمومى را منوط به احساس امنيت جانى در مقابل حكام زمان مى شما رد. (9)

شهيد ثانى با تصريح به اينكه فقيه امين از طرف ائمه (ع) منصوب بر مصالح عمومى جامعه است فقيه امين را چنين تفسير مى‌كند:

«مراد از فقيه هركجا كه اطلاق شود فقيه جامع الشرايط فتوا است چنانكه مقصود از امين آن است كه به اصل شرعى حقوق شرعى مانند زكات را بيش از نياز تصرف نكند. زيرا اين امر گرچه جايز است ولى موجب زيان مستمندان و فقرا مى‌شود و همچنين در مورد ساير حقوق شرعى». (10) به نظر وى رساندن حقوق شرعى به فقيه شرعى (11 (جامع شرايط فتوا) موجب سقوط تكليف از عهده پرداخت كننده مى‌شود. (12)

شهيد ثانى در باب خمس «من اليه الحكم بحق النيابه» را چنين تفسير مى‌كند:

«مراد از آن، فقيه عادل، امامى است كه جامع شرايط فتوا باشد. زيرا دولت نيابت از امام معصوم (ع) را بر عهده دارد و متولى وظايف وى است». (13)

شهيد ثانى در مسئلۀ جواز امر به معروف و نهى از منكر در موارديكه منجر به جرح و قتل مى‌شود و در واقع پشتوانۀ نظريۀ انقلاب اسلامى است، به نقل‌قول از سيد مرتضى و علامه حلى و ادلۀ آن دو اكتفا كرده، اما جواز آن را براى فقيه جامع الشرايط بلا اشكال تلقى كرده ص (14) شهيد ثانى مسئلۀ همكارى و مشاركت در دولت جائر را در مسائل قضايى و كيفرى واضح‌تر از فقهاى گذشته تبيين كرده است. وى اشخاصى كه بنابر تقيه مسئوليت‌هاى قضايى و كيفرى را در دولت جائر قبول مى‌كنند را به دو دسته تقسيم مى‌كند: نخست كسانى كه فقيه نيستند و فقط مى‌توانند در مسائلى كه منجر به قتل نميشود، به اجراى حدود در مورد اعضاى خانوادۀ خود بسنده كنند و بيش از آن را نميتوانند عهده‌دار شوند و اين دسته هرگز نميتوانند اعمالى را كه بنابر تقيه پذيرفته‌اند، به نيابت از امام عصر (ع) انجام دهند (آنگونه كه فقهاى گذشته گفته‌اند) زيرا كسى كه فقيه نيست عهده‌دار نيابت هم نيست و تنها قصد نيابت كردن تأثيرى نخواهد داشت.

دستۀ دوم فقها هستند كه در زمان غيبت به حكم نيابت از امام (ع) مى‌توانند امور قضايى و كيفرى را برعهده بگيرند و وجود دولت جائر نمى‌تواند اين حق شرعى را از آنان سلب كند، مگر اينكه اشكال فقها در اين مورد كه تنها با تقيه آن را تجويز كرده‌اند تنها از نظر همكارى و مشاركت با دولت جائر باشد كه آن هم ايرادى ضعيف و غير قابل قبول است. (1)

شهيد ثانى برپايى نظام كيفرى (حدود) را در عصر غيبت براى فقها به لحاظ نيابتشان از امام غايب (ع) مشروع مى‌شمارد و با اعتراف به ضعف مستند فقهى آن (روايت عمر بن حنظله) (16) دلالت مقبوله را در شمول اجراى حدود بلا اشكال تلقى مى‌كند و اجراى حدود را نوعى حكومت براى فقها مى‌شمارد و در مورد ضعف دليل نقلى به ادلۀ عام و عقلى بسنده مى‌كند و مى‌نويسد:

«اجراى حدود داراى مصلحت كلى و خود مقتضاى