شيخ در سال 1241 ق. عازم مسافرت به شهرهاى معروف ايران (كه حوزه علميه داشتند) شد و به خويشاوندان خود گفت كه از فقهاى مشهور عراق - كربلا و نجف - استفادۀ لازم را برده‌ام، اكنون مى‌خواهم به شهرهاى بزرگ ايران بروم و از محضر علماى آنجا بهره‌مند شوم. نظر و فكر شيخ نشان مى‌دهد كه وى بسيار علم دوست و محقق و متواضع بوده است، زيرا با آنكه استادانى فقيه و مشهور به او گفته بودند كه مجتهد هستيد و احتياج به استاد نداريد؛ به گفتۀ آنان قناعت نمى‌كند و تصميم مى‌گيرد، از علماى معروف ايران نيز ديدن كند. شيخ به برادرش - شيخ منصور - مى‌گويد: آيا كفايت مى‌كند كه چند فقيه عالم ما را مجتهد بدانند و ما به گفتۀ آنان مغرور شويم‌؟ آيا بهتر نيست علم خود را به رجال و بزرگان اين فن در ايران عرضه بداريم و در صورت لزوم از آنها استفاده كنيم‌؟

مادر شيخ با مسافرت او مخالفت مى‌كند و مى‌گويد طاقت دورى تو را ندارم! شيخ انصارى با اينكه مادرش را بسيار احترام مى‌كرد، در رفتن به مسافرت، اصرار بسيار مى‌كند، پس بنابر استخاره با قرآن گذاشتند، آيۀ هفتم سوره قصص آمد:(وَ أَوْحَيْنا إِلى أُمِّ مُوسى أَنْ أَرْضِعِيهِ فَإِذا خِفْتِ عَلَيْهِ فَأَلْقِيهِ فِي اَلْيَمِّ وَ لا تَخافِي وَ لا تَحْزَنِي إِنّا رَادُّوهُ إِلَيْكِ وَ جاعِلُوهُ مِنَ اَلْمُرْسَلِينَ‌)«و به مادر موسى وحى كرديم كه: شيرش بده و اگر بر او بيمناك شدى به دريايش بينداز و مترس و غمگين مشو، او را به تو باز مى‌گردانيم و در شمار پيامبرانش مى آوريم».

مادر شيخ كه زنى باسواد و با معرفت بود، با ديدن آيه، به مسافرت شيخ راضى شد. شيخ مرتضى به سفر علمى رفت و برادرش شيخ منصور را كه جوانى 18 ساله بود، با خود برد؛ از دزفول به بروجرد و بعد از آن به كاشان رفتند تا از محضر ملا احمد نراقى كه در فقه و اصول و شعر و ادبيات فارسى استادى كامل بود، استفاده كند.

شيخ مرتضى در خدمت ملا احمد نراقى سه سال به تدريس و مباحثه و تاليف مشغول شد و از شاگردان درجه اول آن فقيه اديب در حوزۀ علميۀ كاشان شد. ملا احمد بسيار به شيخ احترام مى‌گذاشت. از احترامات ملا احمد نسبت به شيخ همين بس كه به طلاب خود گفت:

من پير و عاجزم برويد از شيخ مرتضى استفاده كنيد.

پيداست كه شيخ با آنكه جوان بوده و سى سال بيشتر نداشته، به‌اندازه‌اى در فقه و اصول مسلط بوده كه يك شخصيت علمى همچون ملا احمد او را جانشين خود در تدريس اين دو علم مهم، دانسته است. جناب نراقى اجازه روايت مفصلى كه تصديق اجتهاد هم هست به شيخ داد. سپس شيخ انصارى از كاشان به تهران رفت و از آنجا به مشهد مشرف شد و قريب شش ماه به زيارت ثامن الائمه عليه السلام و استفاده معنوى از حضور در بارگاه قدسى آن حضرت مشغول بود. ايشان از مشهد به تهران و از آنجا به اصفهان آمد.

روزى براى شناختن علماى مشهور آن ديار به مجلس درس حجت‌الاسلام (سيد) شفتى كه رياست حوزه علمى اصفهان را داشت، رفت و در آخر مجلس نشست. سيد آن روز اشكالى علمى را كه چند روز پيش مطرح كرده بود، براى بار دوم بيان كرد، و منتظر جوابى از طرف فضلاى پاى منبر شد. شيخ انصارى جواب اشكال حجت‌الاسلام شفتى را به يكى از طلاب نزديك خود گفت و خود از جلسه درس بيرون رفت، آن طلبه كه جواب شيخ را شنيده و ياد گرفته بود، موقع را مغتنم شمرد و جواب را بيان كرد. سيد به وى گفت: اين پاسخ از تو نيست، يا ولى‌عصر حجۀ بن الحسن عليه السّلام به تو تلقين كرده و يا شيخ مرتضى به تو ياد داده است!

طلبه گفت: شخص عالمى كه او را نمى‌شناختم، جواب اشكال را به من گفت و از مجلس بيرون رفت.

حجت‌الاسلام شفتى دانست كه شيخ انصارى به اصفهان