آمده است و چند نفر را براى پيدا كردن محل سكونت شيخ، روانه كرد. بعد از يك ماه و باوجود اصرار سيد، شيخ اقامت در اصفهان را نپذيرفت و از آنجا به دزفول مراجعت كرد. مسافرت علمى شيخ انصارى كه نزديك به پنج سال طول كشيد، براى او استفاده شايانى از نظر شهرت و استفاده از محضر فقيه اديب و شاعرى همچون ملااحمد نراقى داشت و او را از هر جهت پخته و ورزيده كرد. شيخ در شهر خودش مورد توجه علما و طلاب قرار گرفت و مجلس درسى تشكيل داد و از سال 1245 تا 1249 ق. در دزفول ماند. پدرش به سال 1248 ق. به بيمارى، وبا كه در آن موقع به صورت همه‌گير در ايران شيوع داشت، وفات كرد، يكسال پس از فوت پدرش، به عتبات براى سكونت رفت و تا آخر عمر در نجف اقامت كرد.

شيخ سال 1249 ق. به قصد اقامت در عتبات به كربلا رفت و زمانى وارد آن شهر مقدس شد كه چند سال از فوت شريف العلما متوفاى 1245 ق. گذشته بود و فقيه برجسته‌اى در آن شهر نبود، و تدريس حوزه علميۀ نجف را دو نفر از فقهاى بزرگ و مشهور به نام‌هاى شيخ على فرزند شيخ جعفر كاشف الغطا و شيخ محمد حسن صاحب جواهر، بر عهده داشتند. شيخ انصارى در كربلا سكونت گزيد و براى استفاده از شيخ على كاشف الغطا، بيشتر اوقات از كربلا به نجف مى‌رفت و در مجلس آن فقيه شركت مى‌كرد و با اينكه استادش به صراحت مى‌گفت كه شيخ مرتضى به استاد نياز ندارد و خودش مجتهد مطلق و صاحب فتواست، اما شيخ انصارى به احترام خاندان بزرگ و مشهور كاشف الغطا، تا سال مرگ شيخ على، يعنى 1254 ق. در مجلس درس وى حاضر مى‌شد. شيخ انصارى پس از وفات كاشف الغطا، مجلس درسى در كربلا تشكيل داد. شيخ روزگارى طولانى - قريب شش سال - در نجف اشرف، در خدمت شيخ على - كاشف الغطا - نيز گذرانيد تا يگانۀ روزگار و مرجع اهل زمانه شد.

اداره حوزۀ علميۀ نجف در سال 1262 ق. به شيخ محمد حسن معروف به صاحب جواهر رسيد، وى از فقهاى بزرگ شيعه و مؤلف كتاب معروف جواهر در فقه است، اين كتاب بسيار مفصل، مرجع فقها در مسايل فقهيه است. شيخ محمد حسن در روزهاى آخر عمرش به تشكيل مجلسى امر و سفارش كرد كه فقهاى مشهور نجف در آن حاضر شوند، چون جلسه فراهم آمد، صاحب جواهر، شيخ انصارى را در آن مجلس نيافت.

فرمود تا شيخ را نيز در آن مجلس حاضر كنند، شيخ را در حرم امير المؤمنين عليه‌السلام يافتند در حالى كه براى سلامتى صاحب جواهر دعا مى‌كرد؛ او را به آن مجلس آوردند، صاحب جواهر شيخ را نزد خود طلبيد و - دست او را روى قلب خود نهاد و گفت: اكنون بر من گوارا شد. سپس روى به فقهاى حاضر در مجلس كرد و گفت: مرجع و رييس علمى شما پس از من ايشان هستند؛ آنگاه شيخ انصارى را مخاطب قرار داد و گفت:

اى شيخ در مسائل فقهى احتياط هاى خود را كمتر كن، كه اسلام شريعتى است كه احكام آن بر سهولت و سادگى نهاده شده است. معروف بود كه شيخ انصارى در فتواهايش بسيار احتياط مى‌كند. صاحب جواهر ماه شعبان 1266 ق. وفات كرد و مرجعيت شيعه به شيخ انصارى رسيد. كثرت علم و شهرت و تقواى شيخ نزد صاحب جواهر مسلم بود كه رياست حوزه علميۀ نجف را به او واگذار كرده است و الا رسم نيست كه مجتهد مرجعى براى خود جانشين تعيين كند. پس از وفات صاحب جواهر، شيخ انصارى به وسيلۀ نامه‌اى جريان را به دوست و همدرس قديمى خود، سعيد العلماء مازندرانى نوشت و چنين يادآور شد: زمانى كه هر دو در كربلا از محضر درس مرحوم شريف العلماء استفاده