و كتاب تهذيب الاحكام را در اين دوره و با پيشنهاد استادش، شيخ مفيد تأليف كرد. وى پنج سال شاگردى شيخ مفيد كرد. بعد از مرگ شيخ نزد شاگرد او سيد مرتضى، حاضر شد و 23 سال تلمذ كرد.

سيد مرتضى علم الهدى به سال 436 درگذشت و پس از وى شيخ طوسى مرجع شيعه شناخته شد. تركان سلجوقى در سال 447 با استفاده از ضعف آل بويه - كه شيعه مذهب بودند - به بغداد حمله كردند و با اشغال آن، حكومت آل بويه را برانداختند. طوسى تا سال 448 در بغداد بود و مجلس درس خود را در همان شهر تشكيل داد، اما در سال 448 به سبب حمله طغرل به بغداد و انقراض آل بويه بر آزار و اذيت شيعيان توسط اهل سنت و سلجوقيان افزوده شد.

در اين زمان عبد الملك وزير طغرل بيك، به محله‌هاى شيعه‌نشين حمله كرده، به قتل آنان پرداختند.

حتى به خانۀ شيخ حمله كردند تا وى را به قتل برسانند، ولى او را نيافتند و وسايل منزل و كتاب‌هاى او را آتش زدند و نابود كردند. گفته‌اند طغرل بيك تا سال 449، چندين بار كتاب‌هاى شيخ طوسى را در ملا عام سوزاند.

بعد از اين حادثه شيخ از بغداد خارج شد و به نجف رفت و حوزه علميۀ نجف را تأسيس كرد. گفته‌شده كه در آنجا 300 مجتهد تربيت كرد و چندين كتاب نوشت.

نفوذ علمى، به گونه‌اى بود كه تا 80 سال فتوايى مخالف فتواهاى وى صادر نشد.

خاندان شيخ طوسى تا چند نسل همه از علما و فقها بوده‌اند. پسرش شيخ ابو على ملقب به «مفيد ثانى» كتابى به نام «أمالى» دارد و كتاب «النهاية» تأليف پدرش را نيز شرح كرده است. همچنين دختران شيخ طوسى نيز فقيهه و فاضله بوده‌اند.

دوران زندگى شيخ طوسى با سه نوع شرايط ويژه همراه بوده كه هر سه حالت حاكى از وضعيت اختناق سخت و شرايط تقيه است.

شرايط ويژه دوران زندگى شيخ طوسى به قرار زير است:

الف - مرجعيت شيعه و رياست حوزه تشيع در زمان شيخ طوسى با وى بوده و به عنوان «شيخ الطايفه» شهرت داشته است.

شهرت شيخ طوسى در عصر خود وى را پس از استادانش شيخ مفيد و سيد مرتضى، در مركزيت طايفه شيعه قرار داد به نحوى كه در محضر درس وى بيش از سيصد مجتهد فقيه حضور به هم رسانيدند؛ (1)

ب - توجه خاص نظام حاكم به وى، با توجه به شخصيت علمى و شهرت اجتماعى او اجتناب‌ناپذير بود، به همين دليل خليفه وقت القائم بامر اللّه كرسى رسمى علمى و مقام نخستين دينى را به وى واگذار كرد (2) و به اين ترتيب شيخ طوسى با احراز مقام رسمى از شهرت عمومى جهان اسلام آن روز برخوردار شد؛

ج - شرايط انتقال قدرت از ديالمه كه به تشيع شهرت داشتند، به سلجوقيان كه تركان متعصب بودند وضعيت دشوارى را براى شيخ الطايفه به وجود آورده بود كه از نظر سياسى موقعيت وى را به طور كامل حساس و در معرض خطرات جدى قرار مى‌داد.

در سال 446 ه ق چندين بار كتاب‌هاى شيخ الطايفه را در مقابل مسجد نصر در ملأ عام آتش زدند و شيخ طوسى خود ناگزير چندين بار پنهان شده و خانه‌اش مورد تهاجم و غارت واقع شد و كتابخانه و كرسى تدريسش به آتش كشيده شد (3) و شيخ طوسى در چنين شرايطى، ناگزير كرخ بغداد را ترك گفته به نجف اشرف مهاجرت كرد كه حوزه علميۀ نجف اشرف را بنيان گذاشت. سال مهاجرت شيخ طوسى بنابر مشهور در سال 448 ه‌ - ق اتفاق افتاد ولى ممقانى در رجال خود آن را در سال 443 ه‌ - ق ذكر كرده است.