به ويژه نجف اشرف سپرى شد. مسافرتى به يزد و اصفهان، رى، رشت و مشهد و ساير شهرها هم داشت.

از مهم‌ترين آثار كاشف الغطاء كتاب جامع كشف العطاء است. كتابى فقهى، عميق و سنگين. اين كتاب فقهى را شيخ در سفر تأليف كرد و به جز قواعد علامه حلّى كتابى با خود نداشت. به قدرى به فقه احاطه داشته كه فرموده بود: اگر تمام كتب فقهى را به آب بشويند، قادرم از اول طهارت تا آخر ديات را از نو بنويسم. آثار ديگر او عقايد جعفريه، حق المبين، شرح قواعد علامه، كتاب طهارت، رسالۀ لطفيه در رد علماى اخبارى، رسالۀ عمليه، كتاب مناسك و... بوده است. وفات او را صاحب روضات اواخر ماه رجب 1227 هجرى نوشته، هرچند بيشتر محققان سال وفات او را 1228 ياد كرده‌اند.

كاشف الغطاء از شمار نادر فقهايى است كه با مسائل سياسى دولت و مشروعيت آن آشنا بوده و در جهاد با كفار به‌طور غيرمستقيم درگير بوده است و لقب شيخ المجتهدين از طرف فتحعلى شاه به او، مبين نوعى رسميت داشتن ديدگاه‌هاى فقهى وى در عصر حكومت قاجار در ايران است.

نظريات اين فقيه بزرگ را مى‌توان از آثار مكتوب وى به ويژه كتاب كشف الغطاء عن مبهمات شريعة الفراء به دست آورد.

ديدگاه حكومتى كاشف الغطاء از اين نظر حائز اهميت بسيار است كه وى در آثار خود به تبيين يك نظريۀ فقهى بسنده نكرده و از آن، مشروعيت يك نظام عينى موجود را نيز استخراج و ترسيم كرده است و از نظريات وى در مسائل حكومتى ايران و جنگ بين ايران و روس و روابط سياسى و مرزى ايران و عثمانى استفاده شده است.

در ديدگاه او، اصل ولايت فقيه به عنوان مبناى حكومت و حاكميت مستقيم فقيه به كار گرفته نشده و بيشتر به كاربرد آن در مشروعيت بخشيدن به حكومت عرفى و حل غيرمستقيم مشكلات سياسى زمان، توجه شده است.

دقت در آراى اين فقيه بزرگ نشان مى‌دهد كه وى در تعميم مسئلۀ ولايت و تبيين سلسله‌مراتب آن، گرچه ولايت مؤمنان و رييس المسلمين را مطرح كرده است (1) اما ولايت آنان را به صراحت به امورى چون جهاد، آن هم از نوع دفاعى آن اختصاص داده است و در صورت حضور فقيه عادل، اختيارات جهادى وى را نيز منوط به اذن مجتهد عادل دانسته است. (2)

در تحليل نظريۀ ولايت فقيه از ديدگاه شيخ جعفر كاشف الغطاء نكات برجسته و گاه ابهام‌آميزى وجود دارد كه به برخى از آنها اشاره مى‌شود:

1. علم منشأ ولايت

كاشف الغطاء علم را در رديف نبوت و امامت، موجب و موجد ولايت حكومتى به شمار آورده است. (3)

بى شك با توجه به مناسبت علم با نبوت و امامت كه در كلام كاشف الغطاء در رديف هم قرارگرفته، مى‌توان چنين نتيجه گرفت كه منظور وى از علم عبارت از علم شريعت و يا همۀ آثار علمى وحى است. در هر صورت، «علم» در ديدگاه كاشف الغطاء اساس ولايت مستقل عالم و فقيه به شمار نميرود و به مقتضاى تعابير متعددى كه اين فقيه بزرگ در جاى‌جاى مباحث مربوطه از فقيه به عنوان نايب الامام مى‌آورد (4) معلوم مى‌شود كه علم و فقاهت موجب نيابت فقيه از امام معصوم (ع) است، چنانكه امامت موجب نيابت امام (ع) از نبى (ص) است؛

2. حق سياسى يا مسئوليت سياسى

در ديدگاه كاشف الغطاء در مسئلۀ ولايت فقيه يا به نيابت عامه فقها، در تمامى امور فتوايى، قضايى و حكومتى تصريح شده است (5) اما به درستى روشن نشده كه اين منصب براى فقيه جامع الشرايط از باب حكم