ه‌ - ق) در نجف اشرف و يا بغداد سكونت داشته و اجازاتى را در اين ميان در نجف و بغداد صادر كرده است كه با توجه به سال فوت شاه اسماعيل كه در سال (930 ه ق)، اتفاق افتاده، اين نكته جالب‌توجه است، وى برخى از مؤلفات خود را در سال (933 ه‌ - ق) يعنى هفت سال قبل از وفات در نجف اشرف به پايان رسانده است (3) و به روايت «تاريخ جهان‌آرا» وفات اين فقيه بزرگ نيز در نجف اشرف به سال (940 ه ق)، اتفاق افتاده است (4) و اين نشان‌دهنده مسافرت‌هاى متوالى وى بين ايران و عراق است.

بسيارى از گزارش‌هاى تاريخى درباره زندگى سياسى اين فقيه بزرگ در ايران حكايت از دشمنى‌ها و توطئه‌هاى سازمان يافتۀ تعدادى از درباريان و حتى علماى وابسته به دربار صفوى نسبت به وى دارد. كركى با دستورالعمل‌هاى كتبى مأموران و كارگزاران و حتى مردمان دينى را به وظايف دولتى و شرعى مكلف مى‌كرد و رفتار كارگزاران دولت را با مردم و كيفيت دريافت و هزينه كردن خراج و ماليات‌ها را محدود و مشخص مى‌كرد و بر اساس دستور وى در هر شهر و روستايى بايد امام جماعت و معلم شرعيات حضور داشته و صدرها در سلسله‌مراتب ادارى و دينى به موازات هم از جايگاه رفيعى برخوردار بودند.

صدرها علماى برجسته‌اى بودند كه در رابطه با امور سياسى و مملكتى، كارگزاران را راهنمايى مى‌كردند، اوامر محقق كركى كه از طرف شخص شاه طهماسب اول پشتيبانى مى‌شد، از يك‌سو اختيارات كارگزاران و درباريان را محدود و از سوى ديگر در امور مذهبى مقررات خاصى را حاكم مى‌كرد، تا آنجا كه قبلۀ بسيارى از شهرهاى ايران تغيير يافت و با وجود فتواى برخى از علماى نجف اشرف، در نمازها از خاك تربت حسينى پخته (مهر) استفاده شد. (5)

خوانسارى گزارشگر محقق و پرآوازه، در شرح‌حال محقق كركى ضمن تجليل فراوان از اين فقيه بزرگ به نقد گوشه‌هايى از زندگى سياسى وى پرداخته و مى‌نويسد: به روايت سيد نعمة الله جزايرى در مقدمۀ شرح غوالى گروهى «سبّاب» همواره محقق كركى را همراهى مى‌كردند و اين گروه پيوسته با صداى بلند شيخين و پيروان آن دو را لعن مى‌كردند و سپس مى‌افزايد كه اين عمل با رويۀ شيعه مبنى بر تقيه كه از دستور اكيد ائمه (ع) نشأت گرفته، منافات دارد.

اگر اين نقل درست باشد بايد آن را نوعى غفلت از اين فقيه نامدار به شمار آورد، آنگاه از سيد نعمة الله جزايرى عكس‌العمل اين جريان را چنين نقل مى‌كند:

علماى شيعۀ حجاز، به علماى اصفهان اعم از ائمه جماعات و منبرى ها نوشتند شما پيشوايان، آنان را در اصفهان لعن مى‌كنيد و ما در حرمين شريفين عذاب اين لعن‌ها را به سختى مى‌چشيم. (6)

گزارش ديگرى از مستدرك الوسائل (7) و اعيان الشيعه (8) حكايت از آن دارد كه محقق كركى در سختگيرى به علماى اهل سنت توسط عمال صفوى همواره معترض بوده و تا آخر عمر از حادثه كشته شدن شيخ الاسلام هرات به دست سپاهيان صفوى در جنگ با ازبكان، اظهار تأسف مى‌كرده است.

نظام پيچيدۀ ناشى از حضور صدرها در دربار صفوى و ايالات گسترده كشور كه مظهر حاكميت تشيع فقاهتى بودند و محقق كركى در رأس اين تشكيلات مقتدر قرار داشت، ديرى نپاييد كه با دو نوع تضاد مواجه شد.

نخست: تضادى بين فرماندهان قزلباش و كارگزاران مهم دربار و دولت از يك‌سو و صدرها (علما و فقها) از سوى ديگر و تضاد ديگر بين صدرها و شخص محقق كركى كه مشروعيت حضور فعال آنان را در عرصه‌هاى سياسى و اقتصادى و ادارى كشور محدود مى‌كرد. (9)