در اين مبارزه پنهانى و توطئه آميز، شاه صفوى همواره از محقق كركى حمايت مى‌كرده و حتى يكى از معارضان را به بغداد تبعيد كرده، اما سرانجام اين فقيه بزرگ ناگزير از بازگشت به نجف اشرف شد و بنا به روايتى از پدر شيخ بهايى، به سمى كه توسط عمال دولتى به وى خورانده شد، به فيض شهادت رسيد. (10)

در هر حال حضور فقيه بزرگى چون محقق كركى در صحنه سياسى يك دولت متمايل به تشيع فقاهتى به وى فرصت داد تا نظريه‌هاى فقهاى گذشته و انديشه فقاهتى خود را در صحنه‌هاى عينى جامعه تجربه نمايد.

با تفويض اختياراتى كه توسط دو تن از مقتدرترين سلاطين صفويه، به ويژه شاه طهماسب اول در فرمان سال (936 ه ق) به محقق كركى انجام گرفت در عمل نوعى از مشكل آرمانى حكومت فقاهتى در قالب دولت در دولت پا گرفت و نهاد قانونگذارى به صورت افتاء به فقها واگذار گرديد و محقق كركى در رأس قوه مجريه نظارت بر دستگاه اجرايى را بر عهده گرفت و امر به معروف و نهى از منكر در جامعه توسط علما و متشرعان انجام گرفت و چنانكه مورخ معاصر محقق كركى كه خود از امراى قزلباش بوده مى‌نويسد:

از فحشا و منكرات جلوگيرى به عمل آمد و اعمال نامشروعى چون شراب‌خوارى، قماربازى و منكرات علنى ريشه‌كن گرديد و فرايض دينى و بپادارى نماز جمعه و جماعات، بيان احكام، تفقد از علما، قلع و قمع مفسدان و جلوگيرى از ظلم و تعدى كارگزاران مراقبت‌هاى سختى به عمل آمد. (11)

محقق كركى تا حد عزل و نصب وزرا و امرا و اصلاحات سياسى اجتماعى در ساختار دولت و نهادهاى مذهبى در جامعه پيش رفت و نظريه ولايت فقيه خود را تجربه نمود و در اين مسئوليت بزرگ به انتقادهاى علمايى كه اغلب عرب تبار و اخبارى مسلك و از شاگردان خود وى محسوب مى‌شدند و در مسائلى چون حرمت همكارى با سلاطين جور، عدم وجوب نماز جمعه در عصر غيبت، حرمت اخذ خراج و جوايز سلطان جائر به منازعه برخاسته بودند، وقعى ننهاد و صورت مسائل سياسى منفى فقه را به صورت مثبت و لازم الاجراى آن مسائل تغيير داد و در راه اصلاح دولت و هدايت مردم كه دو هدف اساسى سياست فقاهتى مى‌باشد همت گماشت حتى به رأى برخى از امرا و واليان به تدريس فقه پرداخت و بنا به درخواست آنان رساله‌هاى فقهى راهنما نوشت. (12)

با توجه به مدت اقامت كمتر از ده سال محقق كركى در ايران، بركات وجودى وى در عرصه‌هاى سياست و دين جامعه ايران دوران صفوى مى‌تواند بيانگر توانمندى و كارآيى اين فقيه بزرگ در صحنه فتوا و عمل باشد.

بررسى آراى فقهى وى در آثار گرانبهاى بازمانده از اين فقيه محقق، بيانگر دو ديدگاه اصولى در فقه سياسى است كه هركدام به نوبه خود حائز اهميت بسيار است.

نخست آرمان دولت در دولت و يا اصلاح دولت جائر در شكل ظاهرى همكارى و مشاركت سياسى، اما با هدف اجرا و تنفيذ احكام الهى و هدايت جامعه و جلوگيرى از فساد و مفسدان و گسترش و تحكيم دين مدارى در جامعه و ترويج مذهب و احقاق حق و توسعه عدالت اجتماعى و كنترل دولت از طريق تعديل مسئولان اجرايى و به مصرف رساندن صحيح بيت‌المال و برداشتن فشارهاى سياسى و اقتصادى از دوش مردم به ميزان توان به همان روالى كه در متون فقهى در باب جمعه و جماعت، خمس، انفال، امر به معروف و نهى از منكر، مكاسب محرمه، قضاوت و اجرا و تنفيذ احكام به گونه‌هاى مختلف آمده و فقهاى گذشته با تفاوت‌هاى مختصرى براساس آن توافق نموده‌اند.

به اعتقاد محقق كركى، گرچه حكومت و اعمال