فقيه در زمينه‌هايى كه با آنها فلسفه نبوت و امامت تبيين مى‌شود، موجب اختلال نظام اجتماعى است. (28)

وى در ضمن بيان مقايسه و ملازمه بين شرايط ولايت فقيه و شرايط قضاوت به اين نكته اشاره مى‌كند كه در انعقاد ولايت به معناى حكومت نيابتى فقيه واجد شرايط فتوا بودن كافى است، چنانكه در مورد قضاوت نيز چنين است (29) مفاد اين نظريه چيزى جز انتصاب فقيه براى نيابت نيست و فقيه در اعمال اختيارات خود نيازى به انتخاب و رضاى مردم ندارد.

مقدس اردبيلى گرچه در مسئله جواز اقدام عامه مردم بر امر به معروف و نهى از منكر در مواردى كه منجر به ضرب و جرح و قتل مى‌شود نظريه سيد مرتضى را مبنى بر عدم احتياج به اذن امام (ع) مورد تأييد نكرده و از ديدگاه شيخ طوسى مبنى بر ممنوع بودن آن براى عامه مردم پيروى نموده است (30) و از اين راه قيام‌هاى مردمى براى احياى ارزش‌هاى اسلامى و مبارزه با مفاسد از طريق امر به معروف و نهى از منكر را تا مرز اصلاح طلبانه و اقدامات مسالمت‌آميز محدود كرده و اقدام به مبارزات انقلابى و منجر به ضرب و جرح و قتل را نامشروع شمرده است؛ اما از سوى ديگر آن را براى فقيه جامع الشرايط مجاز شمرده و به لحاظ نيابتى كه وى از امام (ع) دارد، اقدام به اين بخش از امر به معروف و نهى از منكر را منوط به احراز اذن خاص امام (ع) ندانسته است و اذن عمومى در نيابت را براى فقها در زمان غيبت كافى شمرده است.

در برخى از تعبيرات اين فقيه بزرگ «وكالت» عطف به «نيابت» شده (31) و در مواردى نيز از ولايت استفاده شده است (32) و با وجود مترادف نبودن اين سه اصطلاح، اما از مجموع اين تعابير مى‌توان چنين نتيجه گرفت كه ديدگاه محقق اردبيلى در نيابت، وكالت و ولايت همان قائم‌مقامى و نيابت فقيه جامع الشرايط از امام معصوم (ع) در همه امور مى‌باشد. (33)

وى در مسائل مالى نيز فقيه جامع الشرايط را خليفه امام (ع) مى‌نامد و مى‌نويسد:

«فقيه جامع الشرايط خليفه امام عليه السلام بوده و هر مالى كه به وى تحويل داده شود در حقيقت به دست امام (ع) رسيده است» (34) و «وكيل فقيه نيز به منزله ساعى از طرف امام (ع) مى‌باشد». (3)

حكم فقيه جامع الشرايط حكم امام (ع) است.

از تعابير ويژه محقق اردبيلى در مسئله ولايت فقيه اين جمله است كه در قالب مفهوم كلام علامه حلى نوشت:

«از گفتار علامه حلى استفاده مى‌شود كه حكم فقيه همان حكم امام (ع) مى‌باشد». (36)

نكته مهم در انديشه سياسى اين فقيه بزرگ آن است كه در مقوله‌هايى چون «نيابت»، «خلافت»، «وكالت»، و «ولايت» تلازم تفكيك‌ناپذير اين مفاهيم با مصلحت عمومى اسلام و امت مسلمان است. (37)

محقق اردبيلى در توضيح حجيت عرف مى‌نويسد:

«اگر شارع با وجود عدم ارجاع به عرف، موضوعى را مبهم و ناگفته بگذارد، به ويژه آنكه ذهن‌ها معمولا عادت به رجوع به عرف دارند، معنى آن اغراى به جهل خواهد بود». (38)

وى در اين راستا تحول احوال شرعى را با اختلاف عرف مى‌پذيرد و مى‌نويسد:

«در هر مورد كه عرف عصر پيامبر (ص) معلوم نگردد، بايد به عرف عام زمان رجوع شود و اگر اختلافى در ميان شهرها بود، به عرف هر شهر عمل نمود و معيار در حكم، عرف شهر است نه مردم آن، كه ممكن است از شهرى ديگر باشند». (39)

اين فقيه شيعى در مورد مسائلى كه در عصر نبوى (ص) عرف بوده و سپس تغيير كرده و معيار