و تبليغ و ترويج دين پرداخت و مسجد جامع شهر قم را براى اقامه نماز جماعت و جمعه برگزيد. فتحعلى شاه قاجار در اين ايام و در نخستين سفرش به قم به فضائل اخلاقى و كمالات نفسانى و مراتب فضل ميرزا پى برد و براى زيارت او به مسجد جامع شهر آمد و در نخستين ملاقات حلقه ارادت و محبت آن جناب را به گردن افكند.

ميرزاى قمى در بيشتر علوم اسلامى چون فقه و اصول و كلام و علم معانى و بيان و غير آنها تأليفات و تصنيفات ارزنده و بى‌سابقه‌اى از خود به يادگار گذاشته است. آن بزرگوار به انجام فريضه امر به معروف و نهى از منكر بسيار مقيد و پاى بند بود. حتى اين وظيفۀ الهى و اجتماعى در ملاقات با فتحعلى شاه هم ترك نميشد.

سرانجام او در سال 1231 ه ق در هشتاد سالگى دعوت حق را لبيك گفت و پيكر او در قبرستان شيخان قم به خاك سپرده شد.

ميرزاى قمى را مى‌توان يكى از فقهاى طليعه دار دوره تحول و توسعه انديشه سياسى تشيع فقاهتى عصر حكومت قاجار به شمار آورد.

از ميان آثار ميرزاى قمى دو اثر به جاى مانده كه يكى ارشادنامه سياسى است و ديگرى جامع الشتات كه در فاصله زمانى به نسبت طولانى نگارش يافته‌اند. اثر نخست در واقع نوعى برخورد سياسى با قدرت حاكم زمان است كه ميرزا در آن سعى دارد پادشاه را به گونه‌اى اندرز دهد و او را به راهى سوق دهد كه فقيه پنجاه‌ساله خارج از گود سياسى چون وى، كمتر از فساد و ظلم نظام حاكم احساس مسئوليت و خطر كند و كتاب دوم در جايگاه مرجع تقليدى است كه از يك‌سو تحت فشار سلطان بى‌باك و مقتدرى چون فتحعلى شاه است كه مى‌خواهد سلطنتش توسط فقهاى متنفذى مانند ميرزاى قمى استحكام و مشروعيت پيدا كند و از سوى ديگر ناگزير است به پرسش‌هاى شرعى مردم و از آن جمله سؤالات پيچيده سياسى زمان كه اغلب از جانب ايادى و وابستگان دربار گسيل مى‌شد، پاسخ دهد.

ميرزا در ارشادنامه ضمن رعايت تشريفات و القاب خاص نامه‌نگارى با سلاطين، علماى دين و سلاطين را دو ركن لازم سعادت دين و دنياى ملت اسلام معرفى مى‌كند كه سخت به يكديگر نيازمندند، فقها راه دين مى‌نمايانند و حافظ شريعتند و سلاطين با ملك خود دنياى مردم را حافظ و حريم امنيت و صلاح را در برابر شر اشرار و دشمنان نگهبانند. (1)

ظاهر اين كلام، نوعى تقسيم كار و تفكيك قوا را نشان مى‌دهد كه در نظام نيابت و ولايت، قوه مقننه و قوه قضاييه برعهده فقها و قوه مجريه با سلطان است و مردم در اين ميان فقط فرمانبر دارند.

اما با دقت بيشتر به ويژه با توجه به نقطه نظرات اين فقيه در آثار ديگر او روشن مى‌شود كه وى در اين ادامه در صدد ارائه راه چاره و راهكار در ضرورت‌ها و تنگناهاست و او در مقام فتوا و اظهارنظر فقهى نيست.

ميرزاى قمى در پاسخ پرسش شرعى در مورد دريافت و مصرف جزيه مى‌نويسد: «به مقتضاى بسيارى از روايات دريافت و تصرف جزيه به منظور هزينه نمودن آن در مصالح عمومى جامعه اسلامى جايز است، اما مشروط بر آنكه با اذن مجتهد عادل كه نيابت عامه امام (ع) را دارد انجام گيرد. زيرا عموم نيابت مجتهد عادل از امام معصوم (ع) به مقتضاى عموم ادله، اثبات گرديده است. مگر در مواردى جون جهاد (ابتدايى) كه مشروط به حضور امام معصوم (ع) مى‌باشد و اين مورد در واقع استثنايى بر عموم نيابت فقيه عادل محسوب مى‌شود و ديگر تصرفات حكومتى تحت عموم نيابت فقيه عادل همچنان به قوت خود باقى خواهد ماند و در صورت غيبت امام معصوم (ع)، فقيه عادل ولى امر