درس نايينى در نجف اشرف، از بزرگ‌ترين حوزه‌هاى درس و بحث بود.» زندگى ميرزاى نايينى را همچون غزالى به دو دوره سياسى و علمى تقسيم مى‌كنند؛ در دوره اول به عنوان دومين شخصيت سياسى و فقاهتى مشروطه در كنار استادش آخوند خراسانى، نه‌تنها از راه فتوا بلكه با تدوين اصول سياسى مشروطيت، نظام سازمان‌يافته اى را به عنوان الگو و راهنماى عمل (مانيفست) ارائه مى‌دهد و پايه‌هاى فقاهتى نظام مشروطه را استحكام مى‌بخشد.

دوره دوم، دوران جدايى از عرصه سياست و يا به روايتى بيزارى از سياست است كه عمر خود را وقف اصول فقهى مى‌كند و مبانى شيخ انصارى و آخوند خراسانى را در شكلى آراسته‌تر و متقن تر به نسل جديدى از فقها انتقال مى‌دهد.

به نظر مى‌رسد اين دو دوره از نظر مبناى فكرى و فقهى از هم جدا نبوده و آنچه كه مى‌تواند اين دو قسمت از زندگى پرافتخار اين فقيه بزرگ را از هم متمايز كند روش عملى است كه مى‌تواند در شرايطى خاص، منطبق با مبانى فكرى نباشد.

انزواى سياسى ميرزاى نائينى مى‌تواند از باب «ما قصد لم يقع و ما وقع لم يقصد» و نيز ممكن است از باب نفى قاعده «التزام به شى التزام به لازم آن است» انجام‌شده و يا به خاطر عدم امكان اجراى ضرورت رهبرى فقها به مفهوم عينى آن در كنار تدوين و ارائه طرح سياسى نظام و يا به دلايلى ديگر باشد.

نكته‌اى كه لازم به ذكر است اينكه انزواى سياسى ميرزاى نايينى هرگز به معناى عدول از آراى سياسى و نفى ديدگاه‌هاى قبلى نيست، هرچند كه اين نسبت صحّت داشته باشد كه به دستور وى نسخه‌هاى تنبيه الامه از دسترس عموم جمع‌آورى شد چون ممكن است چنين عملى به دليل از ميان بردن راه‌هاى سوءاستفاده از آثار اين فقيه و محقق بزرگ باشد. (1)

در ميان آثار بازمانده از ميرزاى نايينى سه قسمت را مى‌توان به عنوان منابع بررسى انديشه سياسى وى انتخاب كرد.

1. مبارزات سياسى: مبارزات سياسى ميرزاى نايينى در كنار آخوند خراسانى نه به عنوان دستيار و يا حتى همرزم و همفكر، بلكه به عنوان خط دهنده اصلى ماجراى مشروطه در حوزه علميه نجف اشرف آغاز مى‌شود.

2. اثر مكتوب و جاويد ميرزاى نائينى كه تحت نام «تنبيه الامه و تنزيه المله» شهرت بسيارى يافته است و حاوى نقطه نظرات سياسى و به نسبت سازمان‌يافته اين فقيه بزرگ در زمينه نظام سياسى است و استادش نيز در سال (1327 ه ق) بر آن صحّه گذارده و آن را مبناى اسلامى بودن مشروطيت خوانده است؛ (2)

3. اثر مكتوب ماندنى ديگر به نام «منية الطالب» كه تقريرات درس فقه وى به قلم يكى از شاگردان معروفش به نام شيخ موسى نجفى خوانسارى است و به شكل حاشيه بر مكاسب شيخ انصارى تنظيم شده است.

مى‌توان دوران زندگى سياسى اين فقيه و محقق بزرگ «سياست انديشه» را به سه بخش اصلى تقسيم كرد:

الف - بنيانگذارى مشروطه مشروعه در ايران در كنار آخوند خراسانى؛

ب - درگيرى با اشغال نظامى در ليبى و ايران؛

ج - درگيرى با تحولات ايران، كشمكش احمدشاه و سردار سپه تا آخر جمهوريت، تحريم انتخابات و گره خوردن مسائل ايران و عراق و تضاد منافع انگلستان در اين دو كشور.

الف - بنيانگذارى مشروطه:

ترديدى نيست كه در بنيان فقهى و فكرى مشروطه،