ميرزاى نايينى نقش اول را بر عهده داشت و مساعى وى به ويژه در فترت استبداد صغير، مشروطه را نجات داد.

براى نايينى و همفكرانش كه همواره كار علمى در حوزه علميه ارجحيت داشته است، انگيزه اصلى براى دخالت در سياست ايران، احساس خطر جديد از مداخله خارجى و استبداد دربار بود كه بقاى دين و شريعت را تهديد مى‌كرد.

تصور نايينى از مشروطه و مجلس شوراى ملى آن بود كه با اين تحول، استبداد دربار كنترل شود و مردم بتوانند زمام امور كشور را به دست گيرند و در «مالا نص فيه» بدون آنكه به احكام ثابت و اوليه اسلام لطمه‌اى وارد شود بنا بر مصلحت، قانونگذارى كنند و در احكام ثابت اوليه هم بتوانند با رعايت مصلحت از واجبى به واجب ديگر و از مباحى به مباح ديگر و با تغيير موضوع از حكمى به حكم ديگر عدول كنند و اين امر با توجه به قدر مشترك‌ها و با در نظر گرفتن گسترش حوزه حسبه، كاملا لازم و معقول و قابل‌قبول است (3) و اگر كسى تصرف و مداخله در اينگونه امور را بر عهده فقهاى جامع الشرايط كه نواب عام امام (ع) در عصر غيبتند بداند، با امضاى آن قبل از تصويب يا بعد از تصويب مجلس توسط مجتهد جامع الشرايط اشكالى باقى نخواهد ماند و نفس قانونگذارى امرى نامشروع نخواهد بود. (4)

نايينى معتقد بود كه معناى اطاعت دوم و سوم در آيه(أَطِيعُوا اَللّهَ وَ أَطِيعُوا اَلرَّسُولَ وَ أُولِي اَلْأَمْرِ مِنْكُمْ‌)(5) و نيز اكمال دين در روز تاريخى غدير خم، همين اختيارات بوده كه زمان غيبت به فقهاى جامع الشرايط تفويض شده است؛ (6)

ب - درگيرى با اشغال نظامى ليبى و ايران:

اشغال نظامى همزمان طرابلس (ليبى) توسط نيروهاى متجاوز ايتاليا و ايران توسط نيروهاى تجاوزگر انگليس و روس، آلام و مصايب ناشى از شكست فقهاى نجف در بر آورده شدن خواسته‌هايشان در قالب مشروطيت را به فراموشى سپرد، همه و همه در برابر اين تهاجم نظامى كفار بر سرزمين‌هاى اسلامى موضع خصمانه گرفتند و هر كدام با تلگراف‌هاى مشترك و جداگانه، خواستار قيام براى بازگرداندن سرزمين‌هاى اسلامى شدند.

ميرزاى نايينى كه پس از رحلت استادش، رهبرى حركت ضد اشغال بيگانه را بر عهده گرفته بود و هيأت همراه او در كاظمين، نخست پيامى شديد اللحن خطاب به دولت ايران مبنى بر وجوب بيرون راندن قواى اشغالگر از سرزمين اسلامى مخابره كردند و متذكر شدند كه در صورت بى‌تأثير بودن اقدامات دولت، خود براى انجام فريضه جهاد به ايران خواهند آمد.

اين حركت كه قرائت‌ها و گزارش‌هاى مختلفى درباره آن ديده مى‌شود، سرانجام دولت ايران را از تسليم در برابر دولت روسيه باز داشت و عامل آن يعنى محمد على شاه را به ترك وطن مجبور كرد. (7)

ج - درگيرى با مسائل استقلال عراق:

ميرزاى نايينى پس از درگيرى با مسائل سياسى مشروطه و حوادثى چون اشغال ليبى و ايران نميتوانست در برابر آنچه كه در عراق (محل سكونت علمى وى) مى‌گذشت، بى‌تفاوت باشد. جنگ بين‌الملل فرصتى را براى تحولات سياسى بنيادين در عراق به وجود آورده بود كه قهرمان «بنياد فقهى مشروطه» اين بار بايد نه تنها خود، بلكه فقها و مراجع وقت را براى حل مشكل استعمارى عراق بسيج كند.

گرچه رهبرى مذهبى جهاد بر عليه استعمار انگليس در جنبش استقلال‌طلبانه عراق در سال (1920 م) با مرحوم ميرزا محمد تقى شيرازى معروف به ميرزاى شيرازى كوچك و شريعت اصفهانى بود، ولى به شهادت گواهان متعهد، ميرزاى نايينى در اين جنبش نقش بسيار