اركان سلطنت قاجار و خلع احمدشاه توسط رضاخان و طرفدارانش عنوان شد، نه‌تنها با مخالفت علماى قم و از أن جمله علما و مراجع مهاجر روبه‌رو شد، بلكه چنان جوّى را در كشور برانگيخت كه موقعيت رضاخان را به خطر انداخت و وى پس از مأيوس شدن از مجلس كه تا سرحد برانداختن رضاخان از نخست‌وزيرى پيش رفت، برحسب ظاهر به قصد توديع با علماى مهاجر تبعيدى و در باطن براى استمداد و پيجويى راه نجات، عازم قم شد و در اوايل فروردين ماه سال (1303 ه. ش با آقايان در قم ملاقات كرد. گرچه از مذاكرات بين رضاخان با سه شخصيت برجسته مرجعيت آن عصر، آقايان حائرى، اصفهانى و نايينى گزارش تفصيلى در دست نيست، ولى از مضمون بيانيه‌اى كه پس از يك هفته به امضاى اين سه مرجع خطاب به علما، تجار تهران و عموم مردم ايران مخابره شد مى‌توان به هدف و مفاد مذاكرات در اين ملاقات پى برد.

در اين تلگراف ضمن اشاره به مرضى عموم نبودن تشكيل جمهوريت و عدم تناسب اين رژيم با مقتضيات كشور اعلام شده بود كه آقايان از سردار سپه نقض عنوان جمهوريت و الغاى اظهارات مربوط به آن را خواسته و او را به اعلان عمومى الغاى جمهوريت ملزم ساخته و او نيز بدان ملتزم گرديده است كه انشاء اللّه عموما قدر اين نعمت (سردار سپه درخواست حضرات آقايان مراجع را پذيرفته است) را بدانند و از اين عنايت كامارة تشكر نمايند. (11)

گرچه رضاخان به تعهد خود در مورد اعلام موقوف شدن جمهوريت خواهى طى اعلاميه‌اى (12) عملكرد اما به بعد تخريبى تبليغات و جو سازى ها و ايجاد رعب به منظور دستيابى به قدرت مطلقه و جايگزين كردن خود به جاى احمد شاه، همچنان ادامه داد.

بايد اين نكته را متذكر شد كه بخش عظيمى از مخالفت‌ها با طرح جمهوريت در آن روز به معناى مخالفت با شخص رضاخان بوده كه طراح اصلى آن به شمار مى‌رفت و طرفداران جمهوريت نيز اغلب هواداران رضاخان محسوب مى‌شدند (13) و شكست جمهوريت كه خواست علما و مراجع به ويژه مرحوم مدرس به عنوان رهبر فراكسيون اقليت مجلس پنجم بود، در حقيقت در حكم ناكامى رضاخان در نخستين گام توطئه زمامدارى مطلق العنان خود تلقى مى‌شد. گرچه موفقيت ميرزاى نايينى در خاموش كردن فتنه جمهوريت رضاخانى، نقطه درخشانى در حيات سياسى اين فقيه بزرگ محسوب مى‌شد، اما پس از بازگشت وى به نجف اشرف گزارش دقيق و قابل اطمينانى از موضع‌گيرى‌هاى سياسى وى در در هر حال انزواى سياسى اين شخصيت بزرگ فقاهت و سياست در حساس ترين دوران تحولات سياسى ايران و آغاز ظهور يك ديكتاتورى مخوف كه همه خصلت‌هاى استبداد و استعمار گذشته را با خط مشى جديد دين زدايى و ريشه‌كن كردن هويت اسلامى دولت و ملت ايران به كار گرفته بود؛ پيچيده‌ترين نقطه ابهام‌آميز زندگى عملى و سياسى اين ستاره درخشان فقاهت و مرجعيت يك سدۀ اخير است.

ميرزاى نايينى در كتاب تنبيه الامه كه بيشتر مخاطبان آن علماى مخالف مشروطه است، با همان منطق و روش استدلالى كه در فقه معمول است به بررسى مسائل سياسى از ديدگاه اسلام پرداخته و از اصطلاحات علمى متداول در علوم اسلامى و از آن جمله علم اصول فقه بهره فراوان برده است و بى‌ترديد استفاده كامل از اينگونه مباحث تخصصى فقه احتياج به آشنايى با اصطلاحات، منطق و روش استدلال دارد.

انديشه سياسى ميرزاى نائينى را در كتاب تنبيه الامه مى توان به سه بخش اساسى تقسيم نمود: