اين شعبه‌ها داراى وظايف مشخص بوده و به‌طور مستقل تحت ضوابط قانونى عمل مى‌كنند و اين وظيفه هر كدام از اعضاى شعبه است كه استقلال شعبه خود را حفظ كنند كه از وظيفه مقرره خود تجاوز نكرده و به قلمروى مسئوليت‌هاى شعبه ديگر تعدى نكنند. (1)

نايينى از نظر تاريخى مسئله تفكيك قوا را بنا بر نقل مورّخان ايرانى به جمشيد نسبت مى‌دهد لكن آن را مفاد برخى از قسمتهاى عهدنامه مالك اشتر مى‌شمارد و كلام امام على (ع) را شامل همه شعب اجرايى متداول در دولت‌هاى متمدن معاصر مى‌داند. (2)

ناگفته نماند كه «تفكيك قوا» يى كه نايينى از آن سخن به ميان آورده با مفهوم اصطلاحى آن در حقوق اساسى متفاوت است و با توجه به توضيحى كه وى در مفاد عهدنامه در مالك اشتر مى‌دهد و شعب تفكيك شده در كلام امام على (ع) را به معناى وزارتخانه تفسير مى‌كند، به نظر مى‌رسد كه منظور وى از شعب، قواى اصلى حاكم يعنى قوه مقننه، مجريه و قضاييه آنگونه كه در حقوق اساسى تصوير مى‌شود، نيست.

منظور مؤلف از «تفكيك شعب» (3) تقسيم كار در قوه مجريه و تخصيص مسئوليت‌هاى مشخص به هر كدام از نهادهاى زيرمجموعه قوه مجريه است كه چندان ارتباطى با مسئله تفكيك قوا به معناى اصطلاحى حقوقى معاصر ندارد.

با وجود اين در موارد ديگر تنبيه الامه، نوعى تفكيك قوا بدون آنكه نامى از آن برده شود، مطرح و مورد بحث قرار گرفته كه حائز اهميت و قابل بحث است.

1. طرح اصلى تنبيه الامه در رابطه با تكيه بر دو اصل اساسى آزادى و مساوات و تأكيد بر آراى مردم و مشروعيت نمايندگى سياسى از جانب مردم و تأسيس پارلمان در راستاى تفكيك برخى از مسئوليت‌هاى سياسى و اجتماعى از قدرت مطلقه سلطنت استبدادى بوده است.

اين طرح در واقع همان فلسفه سياسى است كه از زمان ارسطو تا منتسكيو، مبناى نظريه تفكيك قوا و انگيزه اصلى واژگونى نظام‌هاى استبدادى متمركز بوده است و نيز نتيجه مستقيم تشكيل پارلمان ها در تاريخ سياسى جهان و فرايند منطقى توسعه آزادى‌ها و گسترش مشاركت سياسى مردم در نظام‌هاى سياسى همان تفكيك قوا بوده كه طرح تنبيه الامه نيز به نوبه خود اين نتيجه سياسى را در پيروزى مشروطيت در ايران به دنبال داشت؛

2. تفسيرى كه در تنبيه الامه در مورد رسالت اصلى قوه مقننه (هيأت مبعوثان) ارائه‌شده، كه با كلماتى چون نظارت، مراقبت، نگهبانى توصيف شده و اعمال آن بر جزء و كل عملكرد قوه مجريه مورد تأكيد قرارگرفته است؛ بيانگر نوعى تفكيك قواى حاكم در طرح پيشنهادى نايينى است كه در اين طرح قوه‌اى با تمام اركان و اعضاى سازمان‌يافته اش: حفظ نظم، اجراى قانون و انجام ساير وظايف اجرايى را به عهده دارند و قوه‌اى ديگر كه مبعوث از جانب ملت است بر عملكرد آن قوه، نظارت و نگهبانى مى‌كند كه اعمال قوه مجريه در راستاى حكومت ولايى امانى، منطبق با مصالح عمومى و براساس احكام الهى بوده و از خودكامگى، استبداد، فساد و مخالفت شرع به دور باشد؛

3. يكى از مسائل محورى عمده و برجسته در كتاب تنبيه الامه مسئله استبداد و استبداد دينى است كه نايينى از يك‌سو سلطنت خودكامه استبدادى را به قواى ملعونه و شجره خبيثه تعبير مى‌كند (4) و شاهان ايران را فراعنه مى‌نامد (و از سوى ديگر به حاملان شعبه استبداد دينى مى‌تازد و انان را علماى سوء، راهزنان دين و گمراه‌كنندگان ضعفاى امت معرفى مى‌كند. (6) با توجه به اينكه نفى استبداد به گونه‌هاى مختلف آن در حقيقت