نخستين گام در استقرار تفكيك قوا محسوب مى‌شود مى‌توان به جايگاه مسئله تفكيك قوا در انديشه سياسى نائينى پى برد.

مطالعه مباحث مقصد دوم خاتمه كتاب تنبيه الامه (7) به درستى روشمن مى‌كند كه نايينى تحت عنوان علاج قواى ملعونه چگونه در صدد ترسيم نوعى از تفكيك قوا بوده است؛

4. شرح وظايف هرچند ابهام آميزى كه در تنبيه الامه براى قواى حاكم به ويژه براى قوه مقننه (مجلس شوراى ملى) بيان شده در حقيقت چيزى جز تبيين حدود مسئوليت‌ها و مرزبندى شعبه‌هاى مختلف اعمال كننده حاكميت نيست و نتيجه اين نوع مرزبندى نيز نمى‌تواند جز تفكيك قوا باشد.

بخشى از شرح وظايف قواى حاكم را مى‌توان در فصل اول (8) تنبيه الامه و بخشى ديگر را در فصل‌هاى دوم (59) و پنجم (60) كتاب مورد مطالعه قرار داد. اصولا واژه «محدّده» كه به معناى تعيين‌كننده حدود و مرزبندى صلاحيتهاست در سراسر كتاب تنبيه الامه بويژه در مورد قوه مقننه (هيأت مبعوثان) و فصل اول كتاب (61) به كار رفته كه خود، گواه روشنى بر جايگاه تفكيك قوا در انديشه اين فقيه بزرگ است.

صرف‌نظر از جنبه‌هاى تاريخى، برخى از عبارات كتاب نشان مى‌دهد كه مؤلف آن متن قانون اساسى مشروطه را ديده و به ويژه اصل دوم متمم آن سخت توجه وى را به خود معطوف كرده و آن را با عبارت «بحمد اللّه تعالى در تماميت فوق معمول است» (62) ستوده است.

نايينى بخشى از كتاب خود را به شرح وظايف قواى حاكم اختصاص داده و در بيان اصول وظايف قوه مقننه موارد زير را به عنوان وظايف اصلى مجلس شوراى ملى آورده است: (63) 1. ضبط و تعديل ماليات و موازنه درآمدها و هزينه‌هاى كشور؛

2. حفظ امنيت و ايجاد نيروهاى مسلح براى تأمين امنيت داخلى و دفاع از تماميت كشور؛

3. برنامه‌ريزى در امور مالى كشور به منظور جلوگيرى از حيف و ميل بيت‌المال؛

4. احياى سنت نبوى (ص) در مورد تقسيم درآمدهاى عمومى، مانند: آنچه كه در اسلام در مورد عوايد اراضى مفتوح العنوه اعمال مى‌شد به همه آحاد ملت آن گونه كه عدالت اقتصادى، مميزى عملى، نسبت تساوى و قدرت انتفاع و بهره‌ورى اشخاص ايجاب مى‌كند؛

5. نظارت، مراقبت و حسابرسى دخل و خرجهاى دولت كه تحت عنوان ديوان محاسبات در قانون اساسى منظور شده است؛

6. قانون‌گذارى براساس موازين شرعى و لغو مقررات خلاف شرع و تغيير و اصلاح قوانين برطبق مقتضيات.

نايينى كه اين وظيفه را بسيار مهم و حساس تلقى مى‌كند، ناگزير در صدد توضيح شيوه صحيح مشروع آن برآمده و قانونگذارى را به دو صورت زير مشروع مى‌شمارد:

الف - قانون‌گذارى در مواردى كه حكم آن به‌طور منصوص در شريعت آمده و فقها آن را مضبوط و قاعده‌مند كرده و حكم آن را به‌طور مشخص بيان كرده‌اند، در اين موارد قانونگذار بايد با دقت كامل قوانين موضوعه را با ضوابط شرعى منطبق كند و هر نوع مخالفت آن را با موازين شرعى استخراج و قسمتهاى مخالف با شرع را الغاء كند.

در ديدگاه نايينى با حضور چندتن از فقها در مجلس قانونگذارى كار تخصصى تشخيص و جداسازى موارد