در عصر نايينى از ميان اين دو رژيم سياسى، رژيم پارلمانى شايع‌ترين آن دو بوده، چنانكه شكل سلطنتى رژيم پارلمانى نيز به دليل نفوذ استعمار فرهنگى و سياسى انگلستان بهترين نوع پارلمانى به شمار مى‌آمده است.

در اين ميان انديشه سياسى نايينى در قالب يك بحث تئوريك سياسى فقهى در كتاب تنبيه الامه كه به هدف استقرار يك رژيم سياسى مشروع در ايران نوشته شد 5 بود، به‌طور صريح و آشكار نظام استبدادى را نفى كرده است كه در جاى‌جاى اين كتاب ارزشمند دلايل آن به چشم مى‌خورد.

تكيه نايينى بر تأسيس هيأت مبعوثان (قوه مقننه) و نظارت كامل آن بر متصديان و كارگزاران (قو 5 مجريه) نشان مى‌دهد كه وى هيچ‌گونه علاقه‌اى به رژيم رياستى نداشته و آن را محكوم كرده است.

گرچه نايينى در ميان دو نوع رژيم پارلمانى تنها از نوع سلطنتى آن نام‌برده است، اما دلايل وى بر لزوم نظارت پارلمان بر جزء و كل عملكرد متصديان و كارگزاران قوه مجريه نشان مى‌دهد كه وى برحسب فرهنگ سياسى غالب زمان خود و نيز به دليل سهولت امكان انتقال از سلطنتى استبدادى به سلطنتى پارلمانى، بر ابقاى نوع سلطنتى پا فشرده است.

تنها چيزى كه از ويژگى‌هاى رژيم هاى پارلمانى در اثر ماندنى نايينى مورد بحث قرار نگرفته، امكان انحلال پارلمان توسط رئيس دولت (قوه مجريه) است كه آن هم بين دو نوع رژيم پارلمانى و رياستى مشترك است.

شايد در طول تاريخ فقه شيعه اين اولين بار بود كه يك فقيه صاحب مبنا با استفاده از روش فقهى و به كارگيرى منابع اوليه فقه به بحث رسمى در زمينه مقوله‌هاى سياسى از قبيل آزادى و مساوات پرداخته و در طى يك بحث كلاسيك فقهى از واژه هاى جديد دنياى سياست و متداول عصر خود سود برده است.

1. توصيف حرّيت كه يك وازه سياسى غربى زمان نايينى است به «اصل مبارك» (104) در تنبيه الامه نشان از عمق اعتقاد دينى نايينى نسبت به آزادى دارد، چنانكه تعبير ديگر وى از آزادى به «حريت مظلومه مغصوبه» بيانگر احساس سياسى اين فقيه بزرگ در مورد شرايط سياسى عصر خود است.

به عقيده نايينى هدف انبيا و اولياى دين در طول مبارزات سياسى با طواغيت زمان خود، رهاسازى انسان‌هاى در بند و نجات آزادى انسان‌ها از چنگال غاصبان آن بوده است. (10)

قدر متيقّن و حداقل معنى آزادى و حقوق ملت در نظريه نائينى همان رهايى از عبوديت جبّاران و گسستن زنجير اسارت طاغوت‌ها و بيرون آمدن از سلطنه فراعنه و از آن جمله آزادى رقاب ملت ايران از استبداد ظالمانه دربار سلطنتى شاهان غاصب است.

نايينى در پاسخ به مخالفان و تعيين قلمروى آزادى به اين مقدار بسنده مى‌كند كه آزادى مورد حمايت وى به معناى رهايى از دين و خودكامگى در برابر احكام الهى و خواسته‌هاى مذهب و خروج از رقبه عبودت خدا نيست. (106 به گمان وى نغمه آزاديخواهى در غرب و در ميان ملل اروپا هم به معناى رهايى از اسارت غاصبان آزادى و نجات از فراعنه زمان مى‌باشد. وى در اين نگاه خوشبينانه، به هشدار مخالفان كه روند آزادى در قالب سكولاريزم و جدايى از تقيّدات مذهبى در غرب را به رخ آزادى‌خواهان مذهبى مى‌كشيدند، هيچ‌گونه توجهى ندارد و اينگونه تبليغات را عوام‌فريبانه و سوءاستفاده از بى‌اطلاعى مردم قلمداد مى‌كند كه با بيدارى مردم ايران ديگر رنگى ندارد؛ (107)

2. مساوات كه نائينى از آن به اصل ظاهر مساوات تعبير مى‌كند و آن را برخلاف ادعاى مخالفان مشروطه